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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003301

染色体: Chr03 坐标: 51119692-51122051 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003301
名称SmilChr03G003301
描述metal tolerance protein 10-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向51119692 - 51122051 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014196
GeneID131014196
locus_tag-
NCBI NameLOC131014196
原始查询SmilChr03G003301

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述metal tolerance protein 10-like
产物metal tolerance protein 10-like
ArabidopsisAT1G16310 (AT1G16310)
Cation efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838200]
identity=73.5; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0130000 (OsMTP9)
-
identity=68.1; qcov=1.01; evalue=2.14e-179; confidence=high
GOGO:0006812 (monoatomic cation transport); GO:0008324 (monoatomic cation transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF01545 (Cation_efflux); PF16916 (ZT_dimer)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014196

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 1.00000 XP_057798073.1
2 Endosome membrane 内体膜 0.60000 XP_057798073.1
3 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.40000 XP_057798073.1
4 Vacuole 液泡 0.40000 XP_057798073.1
5 Vacuole membrane 液泡膜 0.40000 XP_057798073.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:51119781 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B47
Chr3:51119836 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B106,C16
Chr3:51119836 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 B106,C16
Chr3:51120750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C30,C54
Chr3:51121026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr3:51121075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D8
Chr3:51121185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr3:51121252 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B28
Chr3:51121252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr3:51121534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr3:51121545 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,B81
Chr3:51121599 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,B39,C14

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798073.1
367 aa
N
1
184
367
Cation_efflux
ZT_dimer
C
PF01545 Cation_efflux 82-274 aa PF16916 ZT_dimer 292-354 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798073.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 82 274 1.9e-33 116.7 Cation efflux transmembrane domain
XP_057798073.1 Pfam PF16916 ZT_dimer Domain 292 354 9.2e-08 32.7 Cation efflux protein, cytoplasmic domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942090.1
TTGTAAATATACATCTCAACTTGGATATAGAGTTTTTTTCAATCTTTTCAAATTCTAAAGAAACCAACATGGAGAGTGACGGCGGGAGACGCATAGAGCCGTCATGGAGGCTCAACTTGGACGAGTTCCGGTTGCCGGAGCGCCACCCGAACAAAAGAAAACAACGAAAAGTTGCAGAGTATTACAAAAAGCAGGAGAGACTCTTAGAAGGATTCAATGAAATGGAAAGCATCCATGAATCTGGTGGTTTAGCAGATGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014196
ATGGAGAGTGACGGCGGGAGACGCATAGAGCCGTCATGGAGGCTCAACTTGGACGAGTTCCGGTTGCCGGAGCGCCACCCGAACAAAAGAAAACAACGAAAAGTTGCAGAGTATTACAAAAAGCAGGAGAGACTCTTAGAAGGATTCAATGAAATGGAAAGCATCCATGAATCTGGTGGTTTAGCAGATGCTCCTACTGAGGATGAACTGAAACAACTTGCCAAGAGTGAGAGGCTAGCTGTTCACATATCTAACATTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798073.1
MESDGGRRIEPSWRLNLDEFRLPERHPNKRKQRKVAEYYKKQERLLEGFNEMESIHESGGLADAPTEDELKQLAKSERLAVHISNIANLILFIAKVYASLESRSLAVIASTMDSFLDLLSGLILWFTSYAMKNPNKYRYPIGKKRMQPVGIIVFASVMATLGLQIIVESVRQLIAKSGPEMNHDQEMWMIGIMASVTVVKFVLMLYCRRFKNEIVRAYAQDHFFDVITNSVGLATAVLAVRFYWWIDSTGAMIIALYTIN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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