当前解析结果
SmilChr03G003301| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003301 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003301 |
| 描述 | metal tolerance protein 10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 51119692 - 51122051 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014196 |
|---|---|
| GeneID | 131014196 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014196 |
| 原始查询 | SmilChr03G003301 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | metal tolerance protein 10-like |
| 产物 | metal tolerance protein 10-like |
| Arabidopsis | AT1G16310 (AT1G16310)Cation efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838200] identity=73.5; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0130000 (OsMTP9)- identity=68.1; qcov=1.01; evalue=2.14e-179; confidence=high |
| GO | GO:0006812 (monoatomic cation transport); GO:0008324 (monoatomic cation transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01545 (Cation_efflux); PF16916 (ZT_dimer) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014196 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 1.00000 | XP_057798073.1 |
| 2 | Endosome membrane | 内体膜 | 0.60000 | XP_057798073.1 |
| 3 | Secretory vesicle | Secretory vesicle | 0.40000 | XP_057798073.1 |
| 4 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057798073.1 |
| 5 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057798073.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:51119781 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B47 |
Chr3:51119836 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B106,C16 |
Chr3:51119836 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B106,C16 |
Chr3:51120750 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B104,C30,C54 |
Chr3:51121026 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B102 |
Chr3:51121075 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D8 |
Chr3:51121185 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B64 |
Chr3:51121252 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B28 |
Chr3:51121252 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr3:51121534 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B113 |
Chr3:51121545 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B62,B81 |
Chr3:51121599 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,B39,C14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798073.1PF01545
Cation_efflux 82-274 aa
PF16916
ZT_dimer 292-354 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798073.1 |
Pfam | PF01545 |
Cation_efflux | Domain | 82 | 274 | 1.9e-33 | 116.7 | Cation efflux transmembrane domain |
XP_057798073.1 |
Pfam | PF16916 |
ZT_dimer | Domain | 292 | 354 | 9.2e-08 | 32.7 | Cation efflux protein, cytoplasmic domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。