Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003307`

染色体: Chr03 坐标: 51278747-51280247 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003307`
名称	SmilChr03G003307
描述	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 1-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	51278747 - 51280247 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014204`
GeneID	`131014204`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014204`
原始查询	`SmilChr03G003307`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 1-like
产物	1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase homolog 1-like
Arabidopsis	`AT1G06620` (AT1G06620) 2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837171] identity=46.9; qcov=0.986; evalue=6.18e-118; confidence=high
Rice	`Os03g0690500` - identity=43.7; qcov=1; evalue=3.09e-95; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014204

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057798077.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057798077.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798077.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798077.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798077.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:51278958`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:51279051`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,B46,B77
`Chr3:51279153`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B90,B92
`Chr3:51279208`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B47
`Chr3:51279305`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B125
`Chr3:51279684`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C58
`Chr3:51279908`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A16,B46,B76,B77,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798077.1

359 aa

180

359

DIOX_N

2OG-FeII_Oxy

PF14226 DIOX_N 62-157 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 210-307 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798077.1`	Pfam	`PF14226`	DIOX_N	Family	62	157	3.6e-18	67.0	non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
`XP_057798077.1`	Pfam	`PF03171`	2OG-FeII_Oxy	Domain	210	307	1.1e-30	106.7	2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942094.1
GAAAATTACTATTAAATCTCACCTAACAAACTCTTGTACGTTACACTTGTATTGAGGAAATGCGCGGCTATATATAGATGCATAATCTTTCACAAATTTTCATCTACTACTCCAACACACATACCATATATAGCAGCAAAAACACATTTGAAAAAACCTAAGAAAGAAAGAAAAAGAAAATGGTGGTCTCTAGCAACGGTGGCGATGTCTACGACTGGGCTGAAGCAGTGAAGGAATTCGACAAAGCAAAATCCGGCGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014204
ATGGTGGTCTCTAGCAACGGTGGCGATGTCTACGACTGGGCTGAAGCAGTGAAGGAATTCGACAAAGCAAAATCCGGCGTGAAGGGCCTAGTGGACGCCGGCGTGACGGAGCTGCCTCGTCTCTTCGTGCACCCGGCGGAGCATCTCCAGAGCAACCCCACCGACCCGGCCCTGCAGCCGCAGCTCCCCACCATCGACTTCGCGGGGCGGCGCCAGGAAGTGGTGGAGGGGATCCGCAAGGCGTCGGAGGAATGGGGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798077.1
MVVSSNGGDVYDWAEAVKEFDKAKSGVKGLVDAGVTELPRLFVHPAEHLQSNPTDPALQPQLPTIDFAGRRQEVVEGIRKASEEWGFFRIINHGVPSETMDAMLEGVRRFHEQPTAEKMPLYSDDSRMRVRFNSNSALRENDSASWRDILTCVFNDDHIDPDLIPHACRQEVQEYVKQMIRLRETMAELMSEALGLPSDYLSNIECMKSEAMACLYYPVCPEPQKTLGTPKHSDTTFLTLLMQDAIGGLQILHGGQWVNV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器