当前解析结果
SmilChr03G003322| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003322 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003322 |
| 描述 | hyoscyamine 6-dioxygenase-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 51458565 - 51460118 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014215 |
|---|---|
| GeneID | 131014215 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014215 |
| 原始查询 | SmilChr03G003322 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hyoscyamine 6-dioxygenase-like |
| 产物 | hyoscyamine 6-dioxygenase-like |
| Arabidopsis | AT4G10490 (AT4G10490)2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826641] identity=36; qcov=0.957; evalue=3.05e-64; confidence=medium |
| Rice | Os07g0169600- identity=36; qcov=0.975; evalue=3.78e-69; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014215 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057798091.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057798091.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057798091.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798091.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057798091.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:51458831 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B17 |
Chr3:51459146 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A20,B98 |
Chr3:51459148 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr3:51459635 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B59 |
Chr3:51459792 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B12,B122,C42 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798091.1PF14226
DIOX_N 37-136 aa
PF03171
2OG-FeII_Oxy 185-278 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798091.1 |
Pfam | PF14226 |
DIOX_N | Family | 37 | 136 | 4.8e-13 | 50.5 | non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal |
XP_057798091.1 |
Pfam | PF03171 |
2OG-FeII_Oxy | Domain | 185 | 278 | 4.3e-29 | 101.5 | 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。