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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003322

染色体: Chr03 坐标: 51458565-51460118 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003322
名称SmilChr03G003322
描述hyoscyamine 6-dioxygenase-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向51458565 - 51460118 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014215
GeneID131014215
locus_tag-
NCBI NameLOC131014215
原始查询SmilChr03G003322

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hyoscyamine 6-dioxygenase-like
产物hyoscyamine 6-dioxygenase-like
ArabidopsisAT4G10490 (AT4G10490)
2-oxoglutarate (2OG) and Fe(II)-dependent oxygenase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826641]
identity=36; qcov=0.957; evalue=3.05e-64; confidence=medium
RiceOs07g0169600
-
identity=36; qcov=0.975; evalue=3.78e-69; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03171 (2OG-FeII_Oxy); PF14226 (DIOX_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014215

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798091.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057798091.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798091.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798091.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798091.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:51458831 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr3:51459146 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B98
Chr3:51459148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:51459635 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr3:51459792 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B122,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798091.1
325 aa
N
1
162
325
DIOX_N
2OG-FeII_Oxy
C
PF14226 DIOX_N 37-136 aa PF03171 2OG-FeII_Oxy 185-278 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798091.1 Pfam PF14226 DIOX_N Family 37 136 4.8e-13 50.5 non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal
XP_057798091.1 Pfam PF03171 2OG-FeII_Oxy Domain 185 278 4.3e-29 101.5 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942108.1
AATGAATAATTAATTAATTCAAGTTGGCAACATTTTCTTGTTAAAGATATATACCATTATTTTACATGGTCTTAAACTCCTTTATTTGTTGGCTGGTCAATCATCTTGAAAAACACAAACAGGCAGAAACAAAAATTAATGACATCTTAATTGCATTGTTTAGCTATTTCATCCATGGAAAATCATGCGTCAAAGTGGCACAACGTTGAATCTGTTCCAGAAACCCATATTTTCCCAGTGGAAGATAGAGCTGGCAACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014215
ATGGAAAATCATGCGTCAAAGTGGCACAACGTTGAATCTGTTCCAGAAACCCATATTTTCCCAGTGGAAGATAGAGCTGGCAACGAACCAATCCCTCTGTGTCACACAATCCCAATCATTGACCTTGCTAATTCACACGCACTTCACCAAATCATGCAAGCCAGCAAACAATATGGTTTCTTCCAGGTGAGGAATCACGGAGTGGGCGAGGATGTGATAGGCAATGCAGTAGAGGTGTTGGAGGAGCTATTTGGGCGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798091.1
MENHASKWHNVESVPETHIFPVEDRAGNEPIPLCHTIPIIDLANSHALHQIMQASKQYGFFQVRNHGVGEDVIGNAVEVLEELFGRESEEISKEAKANGWVYMGSSSLAIKGAHLWRDNIKHPCHPLEDSMQHWPHNPTRYRQVVARYIEGIRGLSLRILKLICQGLGLEKGYLGEMSQVQFLTASNYPACPDPALTLGLLPHFDHSLITILSQGNAQGLQVMVNGKWMGVEVVPNAFVVNIGTQIQIVSNGKLRSVEHR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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