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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003329

染色体: Chr03 坐标: 51577999-51579807 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003329
名称SmilChr03G003329
描述11S globulin seed storage protein 1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向51577999 - 51579807 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014223
GeneID131014223
locus_tag-
NCBI NameLOC131014223
原始查询SmilChr03G003329

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述11S globulin seed storage protein 1-like
产物11S globulin seed storage protein 1-like
ArabidopsisAT5G44120 (CRA1)
RmlC-like cupins superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834435]
identity=45.5; qcov=1; evalue=5.17e-134; confidence=high
RiceOs01g0762500 (Glua1*)
-
identity=42.7; qcov=1.04; evalue=3.1e-132; confidence=medium
GOGO:0045735 (nutrient reservoir activity)
KEGG-
PfamPF00190 (Cupin_1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014223

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 0.80000 XP_057798094.1
2 Cell wall 细胞壁 0.20000 XP_057798094.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057798094.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798094.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798094.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798094.1
464 aa
N
1
232
464
Cupin_1
Cupin_1
C
PF00190 Cupin_1 40-196 aa PF00190 Cupin_1 294-441 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798094.1 Pfam PF00190 Cupin_1 Domain 40 196 2.1e-68 229.4 Cupin
XP_057798094.1 Pfam PF00190 Cupin_1 Domain 294 441 2.1e-68 229.4 Cupin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942111.1
AGCCAGGTGCCCCCTGAGAAAATCATAGGTGGAAGGCATGGGAGGTAGGCAGCCATGCATGTTGCAGACTTCTCCCCTATAAATAATGACGCTTCCGCCTCGCCGCTTCACATCATCAAAATACAACACATTCCAGCATGGCGAAGCTCTCGCTCTCAGTTGTAAGCTTTCTTCTAGTGTTAGGATTGGGGTGCGCCACTCATGTTCGAGAGGGGTCGTGGCAGGTGGGAGAGTGCCAGATCAGCAACATCGACGCCCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014223
ATGGCGAAGCTCTCGCTCTCAGTTGTAAGCTTTCTTCTAGTGTTAGGATTGGGGTGCGCCACTCATGTTCGAGAGGGGTCGTGGCAGGTGGGAGAGTGCCAGATCAGCAACATCGACGCCCGGGAGCCGTCCTACACCGTGAGATCGGAGGGCGGAGAGACCGAGTTCTGGGACAACCGGAACGATGAGTTCCGATGCGCCGGTGTGTCCATCCGCCGCCACAGAATCCAGCAGAGAGGCCTCCTGCTGCCGGTGTACCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798094.1
MAKLSLSVVSFLLVLGLGCATHVREGSWQVGECQISNIDAREPSYTVRSEGGETEFWDNRNDEFRCAGVSIRRHRIQQRGLLLPVYHNAPVLVYVVQGRGTYGVLNSGCPETFEAESAQQQYSRKERSERSFREDRHQKVEDVKQGDVIAVRAGEAHWVYNDGDQELVLVVFHHNANYANQLDQNPRSFFLAGNPNNEQEEEQYMRLRGGKEAQSELGNVFRGFHDELLAEAFGVDVETARKLRGQNDERGHIIRAEKSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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