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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003333

染色体: Chr03 坐标: 51600017-51606714 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003333
名称SmilChr03G003333
描述mitochondrial ATP-independent inner membrane protease subunit 2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向51600017 - 51606714 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014227
GeneID131014227
locus_tag-
NCBI NameLOC131014227
原始查询SmilChr03G003333

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial ATP-independent inner membrane protease subunit 2-like
产物mitochondrial ATP-independent inner membrane protease subunit 2-like
ArabidopsisAT2G31140 (AT2G31140)
Peptidase S24/S26A/S26B/S26C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817670]
identity=57.1; qcov=0.858; evalue=3.59e-87; confidence=high
RiceOs04g0102600
-
identity=63.4; qcov=0.858; evalue=5.21e-94; confidence=high
GOGO:0004252 (serine-type endopeptidase activity); GO:0006465 (GO:0006465)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014227

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798100.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057798100.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.60000 XP_057798100.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798100.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798100.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:51600166 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B15,C18
Chr3:51600166 C CA 1bp_insertion CDS_variant 2 B15,C18
Chr3:51602295 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C45,C58,C85,D3
Chr3:51604950 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C58
Chr3:51605119 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr3:51605121 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B55
Chr3:51606170 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,B55
Chr3:51606182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr3:51606221 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr3:51606249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr3:51606350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:51606361 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942117.1
GAAATTTCGTGATTGAACACGCAGTTTATGTGATACAAAGAAAAACCTTCTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATCAAACTACTATTCGATAAAATTGGAAATTCCAGCCATATTACGACTCATATCACCAATGAGTTATTTCTTCAAAAAAGATCACAAACGAGTTATAAAAGGAAATGCTCAAGGGTTTAACGGAAATTACAGGCTACAGACCTCACCTTTAGAAATGGTTGCGCTCTCAACATGGCTGCGCTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014227
ATGAGTTATTTCTTCAAAAAAGATCACAAACGAGTTATAAAAGGAAATGCTCAAGGGTTTAACGGAAATTACAGGCTACAGACCTCACCTTTAGAAATGGTTGCGCTCTCAACATGGCTGCGCTACATTGGAACCAAATTTGATTACTCTGTCTCCGTCGCAAAGATGTCCTATGTACGAGGTCAAATTGCTGACACGCAAGTACTTGATACCATATGGAAGAACTTTTCCCATGGAAGGTTGACTTTCTTGCATTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798100.1
MSYFFKKDHKRVIKGNAQGFNGNYRLQTSPLEMVALSTWLRYIGTKFDYSVSVAKMSYVRGQIADTQVLDTIWKNFSHGRLTFLHWNKGEEMDPIIGTQGGTLLVRKIPDPDPTSVQIGDVVVMKDPEDSANYLIRRLAATEGYEMASKDADEEPFVLEKDQCWVLADNDKLKPKEAYDSRIFGPVTMTNIVGRAIYCLRNAVDHGPVKNSESSTTKDSPVLEVELDVDEMFKNHKAQS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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