当前解析结果
SmilChr03G003356| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003356 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003356 |
| 描述 | glycolipid transfer protein 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 51886372 - 51889616 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014252 |
|---|---|
| GeneID | 131014252 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014252 |
| 原始查询 | SmilChr03G003356 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | glycolipid transfer protein 1-like |
| 产物 | glycolipid transfer protein 1-like |
| Arabidopsis | AT2G33470 (GLTP1)glycolipid transfer protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817912] identity=75.2; qcov=1; evalue=2.71e-118; confidence=high |
| Rice | Os02g0622400- identity=81.2; qcov=1; evalue=1.33e-125; confidence=high |
| GO | GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005829 (cytosol); GO:0016020 (membrane); GO:0035627 (ceramide transport); GO:0120009 (intermembrane lipid transfer); GO:1902387 (ceramide 1-phosphate binding); GO:1902388 (ceramide 1-phosphate transfer activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08718 (GLTP) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014252 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057798146.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057798146.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057798146.1 |
| 4 | Vesicle | 囊泡 | 0.40000 | XP_057798146.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057798146.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:51887026 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr3:51888039 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C15 |
Chr3:51888089 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B38,B39,B5,C65,C79 |
Chr3:51889065 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798146.1PF08718
GLTP 24-163 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798146.1 |
Pfam | PF08718 |
GLTP | Domain | 24 | 163 | 3e-48 | 164.5 | Glycolipid transfer protein (GLTP) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。