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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003358

染色体: Chr03 坐标: 51929429-51930661 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003358
名称SmilChr03G003358
描述uncharacterized SmilChr03G003358
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向51929429 - 51930661 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018964
GeneID131018964
locus_tag-
NCBI NameLOC131018964
原始查询SmilChr03G003358

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]; symbol=MUG3; hit=AT1G06740; species=arabidopsis; confidence=low
产物MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]; symbol=MUG3; hit=AT1G06740; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G06740 (MUG3)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3766669]
identity=27.7; qcov=0.756; evalue=3.41e-30; confidence=low
RiceOs01g0595300
-
identity=33.5; qcov=0.502; evalue=1.84e-28; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF03108 (DBD_Tnp_Mut); PF26130 (PB1-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018964

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803630.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803630.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803630.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803630.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803630.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:51929497 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr3:51929682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B30,D2,D8
Chr3:51929807 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B139,C41,C77
Chr3:51929894 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803630.1
410 aa
N
1
205
410
PB1-like
DBD_Tnp_Mut
C
PF26130 PB1-like 6-97 aa PF03108 DBD_Tnp_Mut 186-247 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803630.1 Pfam PF26130 PB1-like Domain 6 97 3.3e-09 37.7 PB1-like domain
XP_057803630.1 Pfam PF03108 DBD_Tnp_Mut Family 186 247 9.9e-13 48.3 MuDR family transposase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947647.1
ATGGATATGCCTTATTTAATTGCGATAAGAATTCACTTTGGTGGAAAGTTTGAGGGGGAAAGAAGATACATAGGAGGTGAAGTTGATGTTCTAGAGGAATGTGATTGGTATTCTTGGCAATTTTCTGAATTATTTAATTCATATATTGATCGTGGGTGTAGTGATGTTCAAAAATTTGCTTTTAGAGTAAAGAACACTGATGAATTGATGTTCTTTAAAGACGATACTGAATTTCGAACGAGAATATATAATTGTGTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018964
ATGGATATGCCTTATTTAATTGCGATAAGAATTCACTTTGGTGGAAAGTTTGAGGGGGAAAGAAGATACATAGGAGGTGAAGTTGATGTTCTAGAGGAATGTGATTGGTATTCTTGGCAATTTTCTGAATTATTTAATTCATATATTGATCGTGGGTGTAGTGATGTTCAAAAATTTGCTTTTAGAGTAAAGAACACTGATGAATTGATGTTCTTTAAAGACGATACTGAATTTCGAACGAGAATATATAATTGTGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803630.1
MDMPYLIAIRIHFGGKFEGERRYIGGEVDVLEECDWYSWQFSELFNSYIDRGCSDVQKFAFRVKNTDELMFFKDDTEFRTRIYNCVDVENEKLDVYVGDVELENEDEGYVGLTEGLETYVEDDLEADDQDYVLSSDETDEVDATDDADETNEMSDDSLLENDDVEAVGKMDNQLQYDKDCDHKRLKLQLGMQFKDVEECKSAVKLWAIMNGYNIRWVKSEFDRVKAICEKECPWKLYASTLTREPTCVIKTYVGEHDCVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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