Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003371`

染色体: Chr03 坐标: 52057387-52065145 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003371`
名称	SmilChr03G003371
描述	protein NPGR2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	52057387 - 52065145 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014265`
GeneID	`131014265`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014265`
原始查询	`SmilChr03G003371`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein NPGR2
产物	protein NPGR2
Arabidopsis	`AT4G28600` (NPGR2) no pollen germination related 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828978] identity=59.1; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os10g0471400` - identity=56.3; qcov=0.923; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF13181 (TPR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014265

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057798160.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057798160.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057798165.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798160.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798160.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:52060220`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B11,B74,C8
`Chr3:52060278`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B108,C23,D10
`Chr3:52060411`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B1,B105,C45
`Chr3:52060623`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr3:52060648`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B73
`Chr3:52063205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C57
`Chr3:52064710`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798160.1

728 aa

364

728

TPR_8

PF13181 TPR_8 619-647 aa

XP_057798161.1

728 aa

364

728

TPR_8

PF13181 TPR_8 619-647 aa

XP_057798162.1

728 aa

364

728

TPR_8

PF13181 TPR_8 619-647 aa

XP_057798164.1

728 aa

364

728

TPR_8

PF13181 TPR_8 619-647 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798160.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	619	647	2.2e-07	31.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057798161.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	619	647	2.2e-07	31.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057798162.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	619	647	2.2e-07	31.2	Tetratricopeptide repeat
`XP_057798164.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	619	647	2.2e-07	31.2	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942177.1
CGGGTCCCACTTGGAAGTCTCTATTCTCCCAAAACCCAATGTATACTTTTGTTTTCTCTCTCAAAAAAGCAAAAATAAAAATACTAATGTCACAACTGCTGCCTTAATTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAGAAAACTGCTGCCTTAATTGCTGAAATCTTCTTTCTCACGCTTTCCGTCAAATTCCGTTCCTCGTTTTCAGTTTTCTCTCTCCTAAGAATTTCGTGCAGACCAACTGTGGAGAAAGCGAAAGGCT...

XM_057942178.1
CCACTTGGAAGTCTCTATTCTCCCAAAACCCAATGTATACTTTTGTTTTCTCTCTCAAAAAAGCAAAAATAAAAATACTAATGTCACAACTGCTGCCTTAATTGGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAAGAAAACTGCTGCCTTAATTGCTGAAATCTTCTTTCTCACGCTTTCCGTCAAATTCCGTTCCTCGTTTTCAGTTTTCTCTCTCCTAAGAATTTCGTGCAGACCAACTGTGGAGAAAGCGAAAGGCTCTGTGG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA

LOC131014265
ATGAGGAATAAGAAGCAGATTGGAGAAGAACGGAGTCATAGAGCCCGTACTAGGCTGGGAACGATAATGCAGTGTCTTTGTTCTGGGGAGCAGTTACATGCAATTGAAATGGTCCCTTCTTTAGCCAAGGATAGTTCAGCTAGTGTTCATTCATCGCAGCCTGGAGAAGCCGAAAGGAAGCCTGATATCGGCAACATCGAAGAGGCTGAGACATCACTGCGAGAAAGTGGATCTTTAAACTATGAGGAGGCCAGAGCATT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA

XP_057798160.1
MRNKKQIGEERSHRARTRLGTIMQCLCSGEQLHAIEMVPSLAKDSSASVHSSQPGEAERKPDIGNIEEAETSLRESGSLNYEEARALLGRYEYQKGNIEAALHVFEGIDIAAITPKMKITLSVMGETHRRRQHNFAAPPMSIHAVSLLFEAVFLKAKSLQALGRYKEAAQSCSVILDIVESSLPAALPENFGADCKLQETLNKAVELLPELWKLADSPRDAVLSYRRALLHHWNLDAQTTAKIQKEFAIFLLYSGIEAIA...

XP_057798161.1
MRNKKQIGEERSHRARTRLGTIMQCLCSGEQLHAIEMVPSLAKDSSASVHSSQPGEAERKPDIGNIEEAETSLRESGSLNYEEARALLGRYEYQKGNIEAALHVFEGIDIAAITPKMKITLSVMGETHRRRQHNFAAPPMSIHAVSLLFEAVFLKAKSLQALGRYKEAAQSCSVILDIVESSLPAALPENFGADCKLQETLNKAVELLPELWKLADSPRDAVLSYRRALLHHWNLDAQTTAKIQKEFAIFLLYSGIEAIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器