Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003376`

染色体: Chr03 坐标: 52110914-52113332 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003376`
名称	SmilChr03G003376
描述	multiple organellar RNA editing factor 2, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	52110914 - 52113332 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014269`
GeneID	`131014269`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014269`
原始查询	`SmilChr03G003376`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	multiple organellar RNA editing factor 2, chloroplastic-like
产物	multiple organellar RNA editing factor 2%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT1G32580` (AT1G32580) plastid developmental protein DAG [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840152] identity=69.7; qcov=1.01; evalue=4.79e-119; confidence=high
Rice	`Os04g0601800` - identity=84.1; qcov=0.816; evalue=2.71e-115; confidence=high
GO	GO:0005739 (mitochondrion); GO:0016554 (cytidine to uridine editing); GO:0080156 (mitochondrial mRNA modification)
KEGG	-
Pfam	PF21864 (MORF_dom)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014269

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057798172.1`
2	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.80000	`XP_057798172.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798172.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798172.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798172.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:52111568`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr3:52112005`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C47,C6
`Chr3:52112006`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C47,C6
`Chr3:52113034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798172.1

239 aa

120

239

MORF_dom

PF21864 MORF_dom 104-194 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798172.1`	Pfam	`PF21864`	MORF_dom	Domain	104	194	5.3e-42	142.3	Multiple organellar RNA editing factor 1, MORF domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942189.1
TTTTTTTTTTTTTAATTTGTATTGAAAAAGGTGGAAAACATTGATCATGGATGGAAGGAGCAAGAATTGAGATATTGAATTGTATTTATACCCAAAAAATCATGTCAATCAAAAAAGGGAAAAAAAACATACAATGAAATTTAAAAAGGACAAGAAAGAAAACAAAAATTAGAAATGGCGTATTTAATTTATTTATTTATTTGAGCCAAAAATGGCGTATTTTAATTTTTAGCAGTAAGCAACTTGTTAAATAGGCAGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014269
ATGGCCGCCACTACCGCCCGATCGATCTTCACCCTCCGATCAGCCGCCGCCTTTCTCCCCAAACGCCTATATTTTTCCACTGTCTCCGGTCCGCCGCCCCTCCCCGGCTTTGACCGCCTTCGAATTTCCGCTCTCCGCGCAGCTACACCCGCACTATCCCACTCGATTCGCGTGGTTTCTCCCGCCAGAGTCAATACGGTCCGATGCCGAGTTAACCGTTCCGGCTCGTCATACTCGCCTTTGAACTCCGGTTCGAACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798172.1
MAATTARSIFTLRSAAAFLPKRLYFSTVSGPPPLPGFDRLRISALRAATPALSHSIRVVSPARVNTVRCRVNRSGSSYSPLNSGSNFNDRPPTEMAPLFPGCDYEHWLIVMDKPGGEGATKQQMIDCYIQTLAKVVGSEEEAKKKIYNVSCERYFGFGCEIDEETSNKLEGLPGVLFVLPDSYVDAENKDYGAELFVNGEIVQRSPERQRRVEPVPQRAQDRPRYNDRTRYVRRRDNMR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器