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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003377

染色体: Chr03 坐标: 52113362-52116421 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003377
名称SmilChr03G003377
描述exocyst complex component EXO84B-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52113362 - 52116421 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014268
GeneID131014268
locus_tag-
NCBI NameLOC131014268
原始查询SmilChr03G003377

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exocyst complex component EXO84B-like
产物exocyst complex component EXO84B-like
ArabidopsisAT1G10385 (AT1G10385)
Vps51/Vps67 family (components of vesicular transport) protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837578]
identity=25; qcov=0.976; evalue=4.69e-39; confidence=low
RiceOs07g0200000
-
identity=25.8; qcov=0.981; evalue=4.63e-43; confidence=low
GOGO:0000145 (exocyst); GO:0006887 (exocytosis); GO:0006893 (Golgi to plasma membrane transport); GO:0008104 (intracellular protein localization)
KEGG-
PfamPF27696 (EXO84_helical)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014268

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798169.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.60000 XP_057798168.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057798170.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057798168.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798168.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52113370 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 5 B102,B93,C77,C81,C83
Chr3:52113370 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B93,C77,C81,C83
Chr3:52113412 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A14,B129,B50,C33
Chr3:52113460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr3:52113506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B93,C77,C81,C83
Chr3:52113691 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,B73
Chr3:52113704 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,C8
Chr3:52113731 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B104,B16,C44
Chr3:52114139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr3:52114155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr3:52114238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B38,B39,B5,C65,C79
Chr3:52114300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B122,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798168.1
748 aa
N
1
374
748
EXO84_helical
C
PF27696 EXO84_helical 398-542 aa
XP_057798169.1
742 aa
N
1
371
742
EXO84_helical
C
PF27696 EXO84_helical 398-542 aa
XP_057798170.1
668 aa
N
1
334
668
EXO84_helical
C
PF27696 EXO84_helical 318-462 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798168.1 Pfam PF27696 EXO84_helical Domain 398 542 2.5e-32 112.7 EXO84 helical domain
XP_057798169.1 Pfam PF27696 EXO84_helical Domain 398 542 2.5e-32 112.7 EXO84 helical domain
XP_057798170.1 Pfam PF27696 EXO84_helical Domain 318 462 2.3e-32 112.8 EXO84 helical domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942186.1
ACTTGCACTTCTCATATATAGCAGCTACCACTACAAGACAAAGCCGGCACACACGCTCTCTCTCATTGGCCTGCAATTGTCTTTTAACGAACAAACCAAAGCTTTTCCCAATCAACAATGCCAATGGCAATGGCGGCAGAAACAGACAGCCAGGTTCTACCAACAAATCAAGTATATGCTTTTCTTCTCCAAACCACAATTTTCCTTAACAATAGCATTATAATTGATCACGCCAATGGACTCAACGTCCACGCCAAGAT...
XM_057942185.1
ACTTGCACTTCTCATATATAGCAGCTACCACTACAAGACAAAGCCGGCACACACGCTCTCTCTCATTGGCCTGCAATTGTCTTTTAACGAACAAACCAAAGCTTTTCCCAATCAACAATGCCAATGGCAATGGCGGCAGAAACAGACAGCCAGGTTCTACCAACAAATCAAGTATATGCTTTTCTTCTCCAAACCACAATTTTCCTTAACAATAGCATTATAATTGATCACGCCAATGGACTCAACGTCCACGCCAAGAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014268
ATGGACTCAACGTCCACGCCAAGATTTCGGTTCAGAGATCACAGGCAAGACATAGCCGACGATTCCTCCTCGGAGGGCCACACCACCGCCGATTCCTCATCCCTTCCTTCCGACGGCGATGACGAACCTCAGCTTCAGTCCATGACTGCTAAGGGTGTCCGACATCTGTGTTCTGAGCTCCTCGAGCTTAAGCAAGAATCAGATGAGGATTTTCAGAAGAGTATCTTTTCAAATTACTCTGCCTTTCTTGTGATAATGAA...
LOC131014268
ATGGACTCAACGTCCACGCCAAGATTTCGGTTCAGAGATCACAGGCAAGACATAGCCGACGATTCCTCCTCGGAGGGCCACACCACCGCCGATTCCTCATCCCTTCCTTCCGACGGCGATGACGAACCTCAGCTTCAGTCCATGACTGCTAAGGGTGTCCGACATCTGTGTTCTGAGCTCCTCGAGCTTAAGCAAGAATCAGATGAGGATTTTCAGAAGAGTATCTTTTCAAATTACTCTGCCTTTCTTGTGATAATGAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798168.1
MDSTSTPRFRFRDHRQDIADDSSSEGHTTADSSSLPSDGDDEPQLQSMTAKGVRHLCSELLELKQESDEDFQKSIFSNYSAFLVIMKDIEVLQTELLGLKYQASLQKRLVKDVSDKIYSTLVSEETIGSMLQETLPVETSSPSLLDVHAENVSDILDSLISEQRLDDALALLEMEGEYVLYLRPDEYSPDQMMSYKSIISGKRAILTDRLMLVAKHPRVSAAELQKALLGLCQLGENHLANQLVLQYYHSRIASGICNLQ...
XP_057798169.1
MDSTSTPRFRFRDHRQDIADDSSSEGHTTADSSSLPSDGDDEPQLQSMTAKGVRHLCSELLELKQESDEDFQKSIFSNYSAFLVIMKDIEVLQTELLGLKYQASLQKRLVKDVSDKIYSTLVSEETIGSMLQETLPVETSSPSLLDVHAENVSDILDSLISEQRLDDALALLEMEGEYVLYLRPDEYSPDQMMSYKSIISGKRAILTDRLMLVAKHPRVSAAELQKALLGLCQLGENHLANQLVLQYYHSRIASGICNLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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