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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003379

染色体: Chr03 坐标: 52131311-52133848 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003379
名称SmilChr03G003379
描述protein JASON
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52131311 - 52133848 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014271
GeneID131014271
locus_tag-
NCBI NameLOC131014271
原始查询SmilChr03G003379

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein JASON
产物protein JASON
ArabidopsisAT1G04030 (AT1G04030)
eisosome protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839326]
identity=40.5; qcov=1.04; evalue=5.48e-73; confidence=medium
RiceOs04g0511700
-
identity=32.4; qcov=0.813; evalue=3.11e-27; confidence=low
GOGO:0007142 (male meiosis II)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014271

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057798174.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057798174.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057798174.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798174.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798174.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52131631 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 C83
Chr3:52132103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C72,C82
Chr3:52132592 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B76,C23
Chr3:52132791 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,C32,C68,C73
Chr3:52132874 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C35,C53
Chr3:52133042 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,C55
Chr3:52133181 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr3:52133283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr3:52133304 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B119,B65,D9
Chr3:52133575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942191.1
AAACTCTAACGGTCACTTCCTTTTACGTAAAAAAATGATTAAACCCTACCCCCCTCCAAAATCGACCGTTTCCACCCCTCACCTTTTTTCCCTCTCTTCAGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGTATGAAGAGTAAGAGATGGAGTTTCTTCCTCTGATCATCTGAACGGAAACCTTTCCTAAAATCAACACAACCAAAGAAGCGCTCTACGCTTTTCCTGAATCTTCTCTCCCCGAAAATGGGTTGTTTTCTCGGATGCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014271
ATGGGTTGTTTTCTCGGATGCTTCGGCGGTGAGAAGAGTCAGAAACGCCGCAAGCATAGGGCTCATCGGTCCAGCCCTCAGCGCCAAAGAAACAGAATCCAAAATGTTCAGCAGGAAAACAAAATCACTGCAGAGCAGTCTGTGGCAGAAACAACCCCTGCTAACTTAACTTTGGAGGTTTTGGAGTTGGGAAATAAACATGAGGTGGTGGAGCAAGGGAGCCCGAGCCTGAGCCCAAGCCCAAAGAAGAGTCCTAGCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798174.1
MGCFLGCFGGEKSQKRRKHRAHRSSPQRQRNRIQNVQQENKITAEQSVAETTPANLTLEVLELGNKHEVVEQGSPSLSPSPKKSPSPSPRKRVTFNSNVTTYEHVRVHDSIESLPDCAANEEEKQEDLKSSSRSQSLSKDDDSVASSVASYPPNHRYHNARESDDEAEEYGDSDLEDLDDEDEDDDEYDYYSDEDTNARFPGHQVWSESVVTASMESRTGSSSPPVMRQEVDSLMVNTQLPDEEVKEFGSKTNARDRSDY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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