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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003385

染色体: Chr03 坐标: 52205301-52215053 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003385
名称SmilChr03G003385
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52205301 - 52215053 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014276
GeneID131014276
locus_tag-
NCBI NameLOC131014276
原始查询SmilChr03G003385

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16420%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G44010 (AT5G44010)
fanconi anemia group F protein (FANCF) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834424]
identity=36.2; qcov=0.984; evalue=3.88e-66; confidence=medium
RiceOs02g0814600
-
identity=32.4; qcov=1; evalue=5.47e-50; confidence=low
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0036297 (interstrand cross-link repair); GO:0043240 (Fanconi anaemia nuclear complex)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF11107 (FANCF); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014276

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798180.1
2 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798181.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057798189.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057798181.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798180.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52207436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B109,B112,B74,C85
Chr3:52207505 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 142 A11,A16,A19,A2,A20,A24,A25,A3,A5,A6,A8,B100,B101,B102,B103,B105,B11,B112,B118,B119,B121,B123,B124,B125,B126,B13,B131,B134,B136,B137,B139,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B26,B27,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B43,B44,B46,B50,B55,B57,B58,B59,B60,B63,B66,B67,B68,B69,B7,B72,B73,B74,B75,B8,B80,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B96,B97,C1,C10,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C20,C22,C24,C25,C26,C28,C30,C33,C37,C42,C44,C48,C5,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C6,C63,C67,C7,C71,C73,C74,C75,C77,C78,C8,C80,C82,C83,C84,C9,D10,D11,D2,D3,D6,D7,D8
Chr3:52207515 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 167 A11,A15,A16,A19,A2,A20,A21,A24,A25,A3,A4,A5,A6,A8,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B11,B111,B112,B115,B117,B118,B119,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B13,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B139,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B23,B24,B26,B27,B29,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B43,B44,B45,B46,B48,B50,B54,B55,B57,B58,B59,B6,B60,B62,B63,B66,B67,B68,B69,B7,B72,B73,B74,B75,B8,B80,B82,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B96,B97,C1,C10,C12,C13,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C22,C24,C25,C26,C28,C30,C33,C34,C37,C38,C39,C42,C44,C48,C5,C52,C53,C54,C55,C56,C57,C58,C6,C63,C64,C65,C67,C69,C7,C71,C73,C74,C75,C77,C78,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C9,D10,D11,D2,D3,D6,D7,D8
Chr3:52207524 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,C55,D8
Chr3:52207537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,C55,D8
Chr3:52207549 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A14,B139,B19
Chr3:52207550 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 3 A10,B48,B75
Chr3:52207550 A ACT 2bp_insertion CDS_variant 3 A10,B48,B75
Chr3:52207551 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 3 A10,B48,B75
Chr3:52207551 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 3 A10,B48,B75
Chr3:52207640 G GGC 2bp_insertion frameshift_variant 6 A20,B62,B67,B88,C26,C55
Chr3:52207643 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,B88,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798180.1
532 aa
N
1
266
532
PPR_3
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
TPR_24
PPR
PPR_2
PPR_1
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR
PPR_2
PPR_1
C
PF13812 PPR_3 139-197 aa PF13812 PPR_3 181-236 aa PF12854 PPR_1 184-214 aa PF13041 PPR_2 186-227 aa PF01535 PPR 189-218 aa PF13041 PPR_2 221-270 aa PF01535 PPR 224-253 aa PF13812 PPR_3 245-303 aa PF12854 PPR_1 253-285 aa PF23276 TPR_24 258-352 aa PF01535 PPR 260-289 aa PF13041 PPR_2 260-305 aa PF12854 PPR_1 287-319 aa PF01535 PPR 294-323 aa PF01535 PPR 334-359 aa PF12854 PPR_1 357-388 aa PF01535 PPR 365-391 aa PF13812 PPR_3 385-442 aa PF12854 PPR_1 392-424 aa PF13041 PPR_2 395-444 aa PF01535 PPR 399-428 aa PF13812 PPR_3 419-475 aa PF12854 PPR_1 427-458 aa PF01535 PPR 433-463 aa PF13041 PPR_2 433-478 aa PF12854 PPR_1 461-481 aa
XP_057798181.1
446 aa
N
1
223
446
FANCF
C
PF11107 FANCF 11-210 aa
XP_057798182.1
428 aa
N
1
214
428
FANCF
C
PF11107 FANCF 11-210 aa
XP_057798183.1
426 aa
N
1
213
426
FANCF
C
PF11107 FANCF 11-210 aa
XP_057798184.1
425 aa
N
1
212
425
FANCF
C
PF11107 FANCF 11-210 aa
XP_057798185.1
424 aa
N
1
212
424
FANCF
C
PF11107 FANCF 11-210 aa
XP_057798187.1
423 aa
N
1
212
423
FANCF
C
PF11107 FANCF 11-210 aa
XP_057798188.1
423 aa
N
1
212
423
FANCF
C
PF11107 FANCF 11-210 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798180.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 139 197 5.3e-38 129.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798180.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 181 236 5.3e-38 129.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798180.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 184 214 1.3e-81 268.6 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 186 227 8.3e-91 298.7 PPR repeat family
XP_057798180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 189 218 6.3e-63 205.5 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 221 270 8.3e-91 298.7 PPR repeat family
XP_057798180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 224 253 6.3e-63 205.5 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 245 303 5.3e-38 129.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798180.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 253 285 1.3e-81 268.6 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 258 352 8.3e-21 75.0 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057798180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 260 289 6.3e-63 205.5 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 260 305 8.3e-91 298.7 PPR repeat family
XP_057798180.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 287 319 1.3e-81 268.6 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 294 323 6.3e-63 205.5 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 334 359 6.3e-63 205.5 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 357 388 1.3e-81 268.6 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 365 391 6.3e-63 205.5 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 385 442 5.3e-38 129.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798180.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 392 424 1.3e-81 268.6 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 395 444 8.3e-91 298.7 PPR repeat family
XP_057798180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 399 428 6.3e-63 205.5 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 419 475 5.3e-38 129.6 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057798180.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 427 458 1.3e-81 268.6 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 433 463 6.3e-63 205.5 PPR repeat
XP_057798180.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 433 478 8.3e-91 298.7 PPR repeat family
XP_057798180.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 461 481 1.3e-81 268.6 PPR repeat
XP_057798181.1 Pfam PF11107 FANCF Repeat 11 210 1.6e-12 47.9 Fanconi anemia group F protein (FANCF)
XP_057798182.1 Pfam PF11107 FANCF Repeat 11 210 1.4e-12 48.1 Fanconi anemia group F protein (FANCF)
XP_057798183.1 Pfam PF11107 FANCF Repeat 11 210 1.3e-12 48.2 Fanconi anemia group F protein (FANCF)
XP_057798184.1 Pfam PF11107 FANCF Repeat 11 210 8.9e-13 48.7 Fanconi anemia group F protein (FANCF)
XP_057798185.1 Pfam PF11107 FANCF Repeat 11 210 1.3e-12 48.2 Fanconi anemia group F protein (FANCF)
XP_057798187.1 Pfam PF11107 FANCF Repeat 11 210 8.8e-13 48.8 Fanconi anemia group F protein (FANCF)
XP_057798188.1 Pfam PF11107 FANCF Repeat 11 210 1.3e-12 48.2 Fanconi anemia group F protein (FANCF)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

18 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098146.1
TTAATTCTATCTATATAATTCTCCGTTCTTTTATTTGTTTATTTAAAACTTTAAGTCAATGGAAAGCTCTATCTAGCAATGCTGCCTCCTGTTTTCCTATTACTGAAAATTCTGTATGCTTCCCTGTGCTTAAAAACTTATTTTACATGGTGCTACTCGTTCTCTGATGAATGTCCTGCTGATGCTTTTTACCAGTCAAACTGAACAGTTTGAATGATTATCAGAGAAAAATAGATTTCATCATGAGTTGAAAATCTATA...
XR_009098143.1
TTAATTCTATCTATATAATTCTCCGTTCTTTTATTTGTTTATTTAAAACTTTAAGTCAATGGAAAGCTCTATCTAGCAATGCTGCCTCCTGTTTTCCTATTACTGAAAATTCTGTATGCTTCCCTGTGCTTAAAAACTTATTTTACATGGTGCTACTCGTTCTCTGATGAATGTCCTGCTGATGCTTTTTACCAGTCAAACTGAACAGTTTGAATGATTATCAGAGAAAAATAGATTTCATCATGAGTTGAAAATCTATA...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC131014276
ATGTTAGGTTATCGGAAAATTCACCCTCTCCGCCGCATCACCGCCGCAGCCCACCCGTTCTCCACCATGAAATCCGAATCCGAACTGCTCCAGTCATACACTGTCACGCCACCAATCAAACCCTGGCCACGAAACCTCACCCCCAAACGCCTCTGCTCCATTATCACCCAACAGCAAAATCTCGATCTCGCCCTTCAGATCTTCCACTACGCCGGAAATCACCACCCCAATTTCCGCCACACTTACGAAACCTACCACTC...
LOC131014276
ATGGGTTGGTCGTACCCTGAAATAGCAATTGAAGATTTAATGAAATTGATAAAAAGTTACATTGATATGTTGATTTTGGCTTCTGGGTATCAATCAACTGGCCGTCTCGCGAATTGGGACTCCAACAACATCAAGAGATCCTTTCAATGGGCGCTCTTTCTGGAGAATGTGTCGAAGGCCCTACTGAGTTCGGCTTATTATGAAGACTCTGTTAAAGAGCTTGATGCTCTTTTACATAAAATGACATTGGATCCCAATTT...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057798180.1
MLGYRKIHPLRRITAAAHPFSTMKSESELLQSYTVTPPIKPWPRNLTPKRLCSIITQQQNLDLALQIFHYAGNHHPNFRHTYETYHSIIHKLSRLRAFDPIPSLLNALRASPIKCGENVFITLIRYYGLASRPKEAIKIFLQVNDFGVKRSVRSFNTLLNALVLNKKYDTVYLMFKNCQKRFKIMPNVFTCNILLKALCKKDDVEGALKVLDEMPGIGMVPNVVSYTTIMTGYVDRGDMLGAKRMFDELLDRGWLPDATT...
XP_057798181.1
MGWSYPEIAIEDLMKLIKSYIDMLILASGYQSTGRLANWDSNNIKRSFQWALFLENVSKALLSSAYYEDSVKELDALLHKMTLDPNFPKDLAHLSCEMLVRARDLMLEHLIHTFPLRESHLKAIITASVEMDISNLKRIDGNVLDVYLEKLNLLPSNGSNLNESRYFEEHDNWGDDDFSVITIQQLGIRQSAVSCSTVAEAGLENTWKTLRLKMHDELGSTSNLEPLKQSTISEEVPLQSDYSNRWRARSLSYMLDKRTI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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