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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003387

染色体: Chr03 坐标: 52232007-52245458 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003387
名称SmilChr03G003387
描述probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR2
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52232007 - 52245458 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014280
GeneID131014280
locus_tag-
NCBI NameLOC131014280
原始查询SmilChr03G003387

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR2
产物probable inactive histone-lysine N-methyltransferase SUVR2
ArabidopsisAT5G43990 (SUVR2)
SET-domain containing protein lysine methyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834422]
identity=42.1; qcov=0.744; evalue=7.02e-152; confidence=medium
RiceOs02g0621100 (OsSET10)
-
identity=47.7; qcov=0.623; evalue=3.85e-167; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0034968 (GO:0034968); GO:0042054 (histone methyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00856 (SET); PF10440 (WIYLD)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014280

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798192.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057798192.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798192.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798192.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798192.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52235317 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A25,B87,C20,C70
Chr3:52235356 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C26
Chr3:52236441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B12,B55
Chr3:52236568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr3:52243310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B21,C11,C63,C69
Chr3:52243312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,C55,D8
Chr3:52243344 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:52243471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B101,B109,B132,B63
Chr3:52243519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,B76
Chr3:52243553 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr3:52243588 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798192.1
871 aa
N
1
436
871
WIYLD
SET
C
PF10440 WIYLD 19-76 aa PF00856 SET 714-836 aa
XP_057798193.1
871 aa
N
1
436
871
WIYLD
SET
C
PF10440 WIYLD 19-76 aa PF00856 SET 714-836 aa
XP_057798194.1
871 aa
N
1
436
871
WIYLD
SET
C
PF10440 WIYLD 19-76 aa PF00856 SET 714-836 aa
XP_057798195.1
871 aa
N
1
436
871
WIYLD
SET
C
PF10440 WIYLD 19-76 aa PF00856 SET 714-836 aa
XP_057798196.1
871 aa
N
1
436
871
WIYLD
SET
C
PF10440 WIYLD 19-76 aa PF00856 SET 714-836 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798192.1 Pfam PF10440 WIYLD Domain 19 76 2.2e-22 79.3 Ubiquitin-binding WIYLD domain
XP_057798192.1 Pfam PF00856 SET Family 714 836 2e-21 77.1 SET domain
XP_057798193.1 Pfam PF10440 WIYLD Domain 19 76 2.2e-22 79.3 Ubiquitin-binding WIYLD domain
XP_057798193.1 Pfam PF00856 SET Family 714 836 2e-21 77.1 SET domain
XP_057798194.1 Pfam PF10440 WIYLD Domain 19 76 2.2e-22 79.3 Ubiquitin-binding WIYLD domain
XP_057798194.1 Pfam PF00856 SET Family 714 836 2e-21 77.1 SET domain
XP_057798195.1 Pfam PF10440 WIYLD Domain 19 76 2.2e-22 79.3 Ubiquitin-binding WIYLD domain
XP_057798195.1 Pfam PF00856 SET Family 714 836 2e-21 77.1 SET domain
XP_057798196.1 Pfam PF10440 WIYLD Domain 19 76 2.2e-22 79.3 Ubiquitin-binding WIYLD domain
XP_057798196.1 Pfam PF00856 SET Family 714 836 2e-21 77.1 SET domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XR_009098149.1
ATACCCCTAAAATAATTTGGGTTGGGTGAACGGAAATTATCTGTCTCTCCCGTCAAAGTACCAGATCTGCCTATCTCCCTCAAATCCCTAATTCCATTCTCCATCGTAAAGTCCGGCGGCAACAACACCGCCGTGACCGCCTCCACTTCAGCCCCTTCTCTCTCCCTTTCAGACGCCCTGCTACAACTACCAGCCACCGGCTTCTACTACTTCTTTTCCTTTCTTCCCGGCGACCTCTTCGCCTTTCAACCACCACGTGC...
XR_009098148.1
ATACCCCTAAAATAATTTGGGTTGGGTGAACGGAAATTATCTGTCTCTCCCGTCAAAGTACCAGATCTGCCTATCTCCCTCAAATCCCTAATTCCATTCTCCATCGTAAAGTCCGGCGGCAACAACACCGCCGTGACCGCCTCCACTTCAGCCCCTTCTCTCTCCCTTTCAGACGCCCTGCTACAACTACCAGCCACCGGCTTCTACTACTTCTTTTCCTTTCTTCCCGGCGACCTCTTCGCCTTTCAACCACCACGTGC...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC131014280
ATGAACTCCGCTGAAATGAGAAAGAGGGCAAGTAGGGAAGCAGATATCAAGGAAACACAAATCAGATTTGAGAATGCTTGTCGGGCTATGAGTGCTATTGGGATTAAGAAAGAGAAGGTGAAGCAAGTACTGAAGACTCTATTGAAATTGTATGACAAAAATTGGGCACTTATTGAAGAGGGAAATTATAGAGCCCTTGCTGATGCTATACTTGATAGAGATGAGGAAGAAGTGGAGGAGCAACCAAGAAAGAATGTTGA...
LOC131014280
ATGAACTCCGCTGAAATGAGAAAGAGGGCAAGTAGGGAAGCAGATATCAAGGAAACACAAATCAGATTTGAGAATGCTTGTCGGGCTATGAGTGCTATTGGGATTAAGAAAGAGAAGGTGAAGCAAGTACTGAAGACTCTATTGAAATTGTATGACAAAAATTGGGCACTTATTGAAGAGGGAAATTATAGAGCCCTTGCTGATGCTATACTTGATAGAGATGAGGAAGAAGTGGAGGAGCAACCAAGAAAGAATGTTGA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057798192.1
MNSAEMRKRASREADIKETQIRFENACRAMSAIGIKKEKVKQVLKTLLKLYDKNWALIEEGNYRALADAILDRDEEEVEEQPRKNVDNEAQDHLEKEAQKSEELERPWKMLKREYLDGQTSSLNTSITSTPPTPPIRFKEEPDELSETHCIKLSGTRGMEECLRKNAEITMTTPQVVMSQLLGESKGKQPSSSNSLVHENGDPSNPSSINKSQQIVRLTNSPRLPSHRMRLRERDTRSASLQTPTKVKRPVPKSSSHARQ...
XP_057798193.1
MNSAEMRKRASREADIKETQIRFENACRAMSAIGIKKEKVKQVLKTLLKLYDKNWALIEEGNYRALADAILDRDEEEVEEQPRKNVDNEAQDHLEKEAQKSEELERPWKMLKREYLDGQTSSLNTSITSTPPTPPIRFKEEPDELSETHCIKLSGTRGMEECLRKNAEITMTTPQVVMSQLLGESKGKQPSSSNSLVHENGDPSNPSSINKSQQIVRLTNSPRLPSHRMRLRERDTRSASLQTPTKVKRPVPKSSSHARQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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