当前解析结果
SmilChr03G003391| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003391 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003391 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G003391 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 52300575 - 52304762 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014284 |
|---|---|
| GeneID | 131014284 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014284 |
| 原始查询 | SmilChr03G003391 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | OsWD40-43; symbol=OsWD40-43; hit=Os02g0319800; species=rice; confidence=high |
| 产物 | OsWD40-43; symbol=OsWD40-43; hit=Os02g0319800; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT5G54520 (AT5G54520)Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835540] identity=60.5; qcov=0.841; evalue=4.42e-165; confidence=high |
| Rice | Os02g0319800 (OsWD40-43)- identity=53.4; qcov=1.01; evalue=1.83e-168; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00400 (WD40) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014284 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057798198.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.60000 | XP_057798198.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798198.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057798198.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057798198.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:52300760 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B108,B93,C23 |
Chr3:52300778 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:52300783 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A4 |
Chr3:52300793 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr3:52300824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A2,B65,B82,C78 |
Chr3:52300845 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C58,C85 |
Chr3:52300867 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C60 |
Chr3:52300881 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C16,C45 |
Chr3:52300907 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B6,C10,C63,C73 |
Chr3:52300911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B108,C23 |
Chr3:52300917 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B131 |
Chr3:52300917 |
T |
TC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B131 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798198.1PF00400
WD40 132-167 aa
PF00400
WD40 178-209 aa
PF00400
WD40 356-392 aa
XP_057798199.1PF00400
WD40 132-167 aa
PF00400
WD40 178-209 aa
PF00400
WD40 356-392 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798198.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 132 | 167 | 5.7e-22 | 77.9 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057798198.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 178 | 209 | 5.7e-22 | 77.9 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057798198.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 356 | 392 | 5.7e-22 | 77.9 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057798199.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 132 | 167 | 5.7e-22 | 77.9 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057798199.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 178 | 209 | 5.7e-22 | 77.9 | WD domain, G-beta repeat |
XP_057798199.1 |
Pfam | PF00400 |
WD40 | Repeat | 356 | 392 | 5.7e-22 | 77.9 | WD domain, G-beta repeat |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
11 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。