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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003398

染色体: Chr03 坐标: 52369776-52371838 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003398
名称SmilChr03G003398
描述uncharacterized SmilChr03G003398
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52369776 - 52371838 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018975
GeneID131018975
locus_tag-
NCBI NameLOC131018975
原始查询SmilChr03G003398

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803642.1
2 Nuclear body 核内小体 1.00000 XP_057803642.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057803642.1
4 PML body PML body 0.80000 XP_057803642.1
5 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057803642.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52369802 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 27 A19,A4,A8,B112,B123,B127,B128,B136,B17,B19,B23,B3,B37,B43,B46,B61,C27,C45,C47,C55,C61,C64,C66,C75,C8,C80,C82
Chr3:52369814 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B58,C51,C83
Chr3:52369817 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B89,C61,C72,C73,C81
Chr3:52369821 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C12
Chr3:52369833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr3:52369835 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr3:52369840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A4,B56,C83
Chr3:52369842 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:52369849 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B6,C60,D9
Chr3:52369849 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 B6,C60,D9
Chr3:52369857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B28,B30,C23
Chr3:52369862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B136,B52,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947659.1
TGCCTATTTGTATTATTTTTTAATTTTTTTACTGAATTTAATATGGTATTCATTTTGTAAATGAATAGGCGAATGTCCCATATCTTCGTCGCGACACTATAGACCAGACGGAGGTTGCTATCAGCACCTACTATAGGGATTCACATTTTCCGCAGCTGGTTGAAACTTTAAATGTGGTCGGCGAACAGTGCAATTCAGATTTATTGGAAAGATTTAGAGCATCATGTTTTGGGCATTTCACTGATTGGAGGCCCGGCCCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018975
ATGTTATGCCATTATACGAGAGAGACAGGAAAGGGCGAGAAGTATCACTTCTACGGTCCTTCGTGGACTTTATATGTCTGGGCATTGGAGCGCGTCCCGGGCTTCGGACACATGGTCGCAGCATCTAGCGGTGATCCGACAGCGCACCCTCGGTGTTTGAGATGGACTTTCAGGGGTAAGCCCCGGCTTCACGGTCTGCGCGATCTATTCGAGGGACAGGGTGGTGTCCTGCCCCTGGAGCCCGATGGTGACGATCTGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803642.1
MLCHYTRETGKGEKYHFYGPSWTLYVWALERVPGFGHMVAASSGDPTAHPRCLRWTFRGKPRLHGLRDLFEGQGGVLPLEPDGDDLSNHYFISALTPGELSVSFRPSDNPLARGVQFPQQTGARVVEERGDEEDVPSQPRMTRSHSVRGPVRDARPHEPARHSVDPGKRPAPHTSSSSSGSRTVSSPSEGEVDRKWVKKTIRQEIKKAFGKFVDKLKGKGKKDRCKKSKHFPVPDSPDDDDQRRSPDDYQPRSPPQRRSP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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