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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003400`

染色体: Chr03 坐标: 52378405-52379705 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003400`
名称	SmilChr03G003400
描述	photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	52378405 - 52379705 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014290`
GeneID	`131014290`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014290`
原始查询	`SmilChr03G003400`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	photosystem I reaction center subunit IV A, chloroplastic
产物	photosystem I reaction center subunit IV A%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT2G20260` (PSAE-2) photosystem I subunit E-2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816545] identity=58; qcov=1.04; evalue=4.11e-42; confidence=medium
Rice	`Os07g0435300` (PsaE) - identity=79.7; qcov=0.5; evalue=1.01e-36; confidence=medium
GO	GO:0009522 (photosystem I); GO:0009538 (photosystem I reaction center); GO:0015979 (photosynthesis)
KEGG	smil00195 (Photosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF02427 (PSI_PsaE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014290

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057798205.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	0.80000	`XP_057798206.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.40000	`XP_057798205.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798206.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798206.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:52378720`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A18,A6,B66,C32,C68
`Chr3:52378720`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A18,A6,B66,C32,C68
`Chr3:52378748`	`G`	`GTA`	2bp_insertion	frameshift_variant	33	A25,A7,B108,B110,B125,B129,B21,B4,B40,B49,B50,B58,B59,B60,B78,B94,C1,C23,C25,C27,C28,C37,C38,C46,C49,C5,C6,C60,C64,C66,C71,C73,C74
`Chr3:52378773`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	28	A25,A7,B108,B110,B125,B129,B4,B40,B49,B50,B58,B59,B60,B94,C1,C23,C25,C27,C28,C37,C38,C46,C49,C5,C6,C64,C66,C73
`Chr3:52378782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B136,B140,B46,B69
`Chr3:52378873`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A13,B34,B61,B86,C54
`Chr3:52379223`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,B109,B112

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798205.1

168 aa

168

PSI_PsaE

PF02427 PSI_PsaE 79-109 aa

XP_057798206.1

138 aa

138

PSI_PsaE

PF02427 PSI_PsaE 79-137 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798205.1`	Pfam	`PF02427`	PSI_PsaE	Domain	79	109	6.6e-13	48.9	Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE
`XP_057798206.1`	Pfam	`PF02427`	PSI_PsaE	Domain	79	137	3.7e-30	104.1	Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942223.1
GACTCAGCTTCATACTAATGACTAAAATGAAAAAAAAAAATCAAGAAAGCGAAAGTAGAAAATGAAAATGAAAATAATGAGTGTAGAGATGAGATTATCCAAAAGAAGGGGATATGGTGTCCAAGTGGCAGAGCCCGAATGGCTAAAGCAACAGCATTGGCTCGCTTCCAATAATCCAGTCCAGGAAAAAGATATCCCCTCAACTCCATGCCTCTCAAAATCTCTTCACTTTCCTTAATTTTATCTATTTTGTATAATAT...

XM_057942222.1
ACTAAAATGAAAAAAAAAAATCAAGAAAGCGAAAGTAGAAAATGAAAATGAAAATAATGAGTGTAGAGATGAGATTATCCAAAAGAAGGGGATATGGTGTCCAAGTGGCAGAGCCCGAATGGCTAAAGCAACAGCATTGGCTCGCTTCCAATAATCCAGTCCAGGAAAAAGATATCCCCTCAACTCCATGCCTCTCAAAATCTCTTCACTTTCCTTAATTTTATCTATTTTGTATAATATCAAATAATACCAAAAACTGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131014290
ATGGCAACCAGCAGCATCGCATCTGCTGCCTGCGGATTTGTGTTGGCACAAAATGTGACGTCAAATTCCAACACTCTGAAGACCAACATGGTATGCTTCTCTACTAAGAACAACAGAAGTTCAAGACTGGTTGTCAGGGCGGCGGAAGAGGCGGAGAAACCGGCCGCCGCCGCCACCGCCGATGCACCTGCTGAAGCCCCTAAAGCAGCCAAGCCACCACCAATTGGGCCCCCAAGAGGCTCTAAGGTAAGAATCCTTAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057798205.1
MATSSIASAACGFVLAQNVTSNSNTLKTNMVCFSTKNNRSSRLVVRAAEEAEKPAAAATADAPAEAPKAAKPPPIGPPRGSKVRILRKESYWYKGVGSVVAVDQVRYHMIRQNHINCQLLIFGVFIVYVYVSDSWRYTKSITTIIINLTNFDIYKLFENCIIIYIHNI

XP_057798206.1
MATSSIASAACGFVLAQNVTSNSNTLKTNMVCFSTKNNRSSRLVVRAAEEAEKPAAAATADAPAEAPKAAKPPPIGPPRGSKVRILRKESYWYKGVGSVVAVDQDPKSRYPVVVRFNKVNYANVSTNNYALDEVEAVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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