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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003402

染色体: Chr03 坐标: 52388695-52390012 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003402
名称SmilChr03G003402
描述putative lipid-binding protein AIR1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52388695 - 52390012 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014292
GeneID131014292
locus_tag-
NCBI NameLOC131014292
原始查询SmilChr03G003402

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative lipid-binding protein AIR1
产物putative lipid-binding protein AIR1
ArabidopsisAT4G12550 (AIR1)
Auxin-Induced in Root cultures 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826868]
identity=30; qcov=0.676; evalue=3.74e-06; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014292

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057798208.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057798208.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798208.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798208.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798208.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52389007 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 35 A14,A18,A25,B105,B122,B127,B128,B130,B134,B138,B140,B18,B19,B49,B67,B70,B75,B80,B81,B87,B93,C11,C16,C19,C20,C3,C42,C45,C46,C47,C69,C73,C78,C83,D3
Chr3:52389061 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr3:52389093 T TA 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 7 A2,A24,B19,C42,C60,C63,C67
Chr3:52389363 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 8 B136,B17,B42,B43,B69,C48,C72,C83
Chr3:52389442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C16
Chr3:52389452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942225.1
GAGATCTCTAAAATCTCAAGTCGTTCCACGCTCGTCCATGTCGTTTTTTCCCTTTCCGATCGGTATGTTTCTTGGAGTTGTCGAAGGTGAGCTCCACCACCGCATCTTCGGCTGGAAGCCGCCTTGCTGGCCGAACTGCCATCTGAGACGTCGTTGACCATGCTGAGCTTGATGCTCTTCTTGTACAGTTTACAGAGCGTCGCCTCCAACTCGCGCTCACTGCCTCAGACAGCAACAGGCACCATCCATTCTAGCCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014292
ATGAATTTTTTGGCTATATTAGTTGAGGACAAACCTATAACGCTCTACAGGCTCGGAGCTCCTTTAACACTTGATATCCTTGTCTTGAAGTATGTTAATTTCCTCAATGAAACCAGCAAACTTATGTTATGTAGAATGGGTTCAGTAAACCTTGTCTACTTGGTCGTTTTCGCCGCCACCACCAGAGCCAGAGGCAGCGGCTCTGCCAAGGTGCCCGAGAGACGCCCTAAAGCTAGGTGTATGTGCAAAACTGTTGGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798208.1
MNFLAILVEDKPITLYRLGAPLTLDILVLKYVNFLNETSKLMLCRMGSVNLVYLVVFAATTRARGSGSAKVPERRPKARCMCKTVGNLVEVEAGKPPTSPCCSLLKGVVELDTLGTLSLSLLLNVEIVMGVGRNLKAYDLIEVVLENK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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