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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003405

染色体: Chr03 坐标: 52406972-52407911 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003405
名称SmilChr03G003405
描述chaperonin CPN60-1, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52406972 - 52407911 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018976
GeneID131018976
locus_tag-
NCBI NameLOC131018976
原始查询SmilChr03G003405

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述chaperonin CPN60-1, mitochondrial-like
产物chaperonin CPN60-1%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT3G23990 (HSP60)
heat shock protein 60 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821983]
identity=84; qcov=0.833; evalue=4.9e-36; confidence=medium
RiceOs03g0143400 (htpB)
-
identity=88; qcov=0.833; evalue=1.01e-38; confidence=medium
GOGO:0005739 (mitochondrion); GO:0005829 (cytosol); GO:0042026 (protein refolding); GO:0140662 (ATP-dependent protein folding chaperone)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018976

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803643.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057803643.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803643.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803643.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803643.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52407470 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85
Chr3:52407616 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B118
Chr3:52407616 C CTT 2bp_insertion CDS_variant 1 B118
Chr3:52407659 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 7 A15,B71,B88,C62,C81,C86,D10
Chr3:52407669 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B4
Chr3:52407669 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B4
Chr3:52407770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C58,C85
Chr3:52407844 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B7,C58
Chr3:52407850 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 3 B101,B7,C58
Chr3:52407850 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 3 B101,B7,C58
Chr3:52407851 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B101,B7,C58
Chr3:52407851 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 B101,B7,C58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947660.1
CTCTACATTGTCTCAGAGGCGAAAACCTTTGTTGATCGTTGCGGAAGATGTGGAGAGTGAAGCCTTGGCTACTCTAATTATCAACAAGCTTCGAGCTGGATTAAAGGTTTGTGCTATTAAAGCTCCTGGATTTGGAGATAACAGAAAGGCCTATCTAAAGGACTTAGCAGCACTGACGAGAGGCAAGGTCATCACCAATGACCTTGGAATGAACCTTGAGAATTTCACAGAAGACATGCTTGGCTCATGCAAAAAGGTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018976
ATGAACCTTGAGAATTTCACAGAAGACATGCTTGGCTCATGCAAAAAGGTTACAGTATCAAAAGATGACACTGTTATTCTTGATGGAGCTGGTGACAAGGATGCTATTGAGGAAAGATGTAACCAGTTACGGTCAGGAATTGAGTTAAGCACCTCTGATTATGACAAGGAGAAGCTCCAGGAGAGACTCGCTAAGCTTTCTGGCGGTGTTGCTGTCTTGAAGGTAAGACTTACAATCTGCAATATCCAGGGGCACTCTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803643.1
MNLENFTEDMLGSCKKVTVSKDDTVILDGAGDKDAIEERCNQLRSGIELSTSDYDKEKLQERLAKLSGGVAVLKVRLTICNIQGHSENYN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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