Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003415

染色体: Chr03 坐标: 52496078-52506696 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003415
名称SmilChr03G003415
描述sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80A2-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52496078 - 52506696 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014304
GeneID131014304
locus_tag-
NCBI NameLOC131014304
原始查询SmilChr03G003415

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80A2-like
产物sterol 3-beta-glucosyltransferase UGT80A2-like
ArabidopsisAT3G07020 (SGT)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819887]
identity=72.9; qcov=0.976; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0131900
-
identity=73.9; qcov=0.906; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005975 (carbohydrate metabolic process); GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity); GO:0016758 (hexosyltransferase activity); GO:0030259 (GO:0030259)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT); PF03033 (Glyco_transf_28); PF06722 (EryCIII-like_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014304

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057798222.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798222.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057798223.1
4 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057798222.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798222.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52496316 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr3:52496364 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B87
Chr3:52496365 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B69
Chr3:52496703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,C73,D11
Chr3:52496730 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,D11
Chr3:52498536 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:52498736 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C24
Chr3:52498736 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C24
Chr3:52502268 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr3:52502428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr3:52504920 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 27 A15,A23,B107,B11,B124,B135,B15,B24,B28,B40,B41,B48,B54,B62,B73,B79,B89,C10,C18,C48,C63,C74,C78,C79,C84,C87,D3
Chr3:52504921 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 75 A19,A2,A20,A3,A4,A9,B1,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B108,B111,B113,B118,B126,B128,B133,B16,B19,B20,B24,B27,B3,B37,B44,B51,B58,B62,B65,B7,B71,B76,B79,B84,B85,B88,B90,B92,B98,C13,C14,C18,C20,C23,C26,C31,C4,C41,C42,C44,C47,C53,C56,C57,C6,C62,C63,C64,C65,C66,C67,C7,C77,C79,C80,C81,C84,C9,D1,D10,D11,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798222.1
634 aa
N
1
317
634
Glyco_transf_28
EryCIII-like_C
C
PF03033 Glyco_transf_28 177-320 aa PF06722 EryCIII-like_C 477-562 aa
XP_057798223.1
617 aa
N
1
308
617
Glyco_transf_28
EryCIII-like_C
UDPGT
C
PF03033 Glyco_transf_28 177-320 aa PF06722 EryCIII-like_C 477-576 aa PF00201 UDPGT 481-573 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798222.1 Pfam PF03033 Glyco_transf_28 Family 177 320 1.5e-33 116.5 Glycosyltransferase family 28 N-terminal domain
XP_057798222.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 477 562 3e-11 44.2 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain
XP_057798223.1 Pfam PF03033 Glyco_transf_28 Family 177 320 1.4e-33 116.6 Glycosyltransferase family 28 N-terminal domain
XP_057798223.1 Pfam PF06722 EryCIII-like_C Domain 477 576 8.6e-13 49.2 Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain
XP_057798223.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 481 573 0.00015 21.5 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942240.1
GTGGACATGCTGATGACCCGGTTCCAAAACTGCTGCAGTTATCTTTCTGTTAAAGCTTCCAGCAGATTCTCCCACTTCTGAACGTGACCGTGTTCTCCCCCTCTCTCTCTATCTGACTACTTGCACACATTGCCAACTGCCAACGCACTGACTGGTGCTTCTACACATGCATAGAACTATCCGTAATTGTTTATGGATGGTTCCGCAGATCTGGATCATCCTCGGACTCCGCCGTTGACGGTGGCGCTGCCGATGGGACG...
XM_057942239.1
CATGCTGATGACCCGGTTCCAAAACTGCTGCAGTTATCTTTCTGTTAAAGCTTCCAGCAGATTCTCCCACTTCTGAACGTGACCGTGTTCTCCCCCTCTCTCTCTATCTGACTACTTGCACACATTGCCAACTGCCAACGCACTGACTGGTGCTTCTACACATGCATAGAACTATCCGTAATTGTTTATGGATGGTTCCGCAGATCTGGATCATCCTCGGACTCCGCCGTTGACGGTGGCGCTGCCGATGGGACGGGCAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014304
ATGGATGGTTCCGCAGATCTGGATCATCCTCGGACTCCGCCGTTGACGGTGGCGCTGCCGATGGGACGGGCAGGAGGAGAAGCGACCTCTTCTTCGAGCTCCAGTGATGTCTCCGTCAAGTTCGCCAAGAATGTTGCTACCGCTTCTCCGCCTTCCAATGGTCGAAGCAACTCTTCAGGGGGTGGAGAGGCAGTTTTCACTAGAGTGAATACTACGCCTGCAAAAATTTTGAATTGTGGGGAATTGGAGTCGCCTTCGGT...
LOC131014304
ATGGATGGTTCCGCAGATCTGGATCATCCTCGGACTCCGCCGTTGACGGTGGCGCTGCCGATGGGACGGGCAGGAGGAGAAGCGACCTCTTCTTCGAGCTCCAGTGATGTCTCCGTCAAGTTCGCCAAGAATGTTGCTACCGCTTCTCCGCCTTCCAATGGTCGAAGCAACTCTTCAGGGGGTGGAGAGGCAGTTTTCACTAGAGTGAATACTACGCCTGCAAAAATTTTGAATTGTGGGGAATTGGAGTCGCCTTCGGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057798222.1
MDGSADLDHPRTPPLTVALPMGRAGGEATSSSSSSDVSVKFAKNVATASPPSNGRSNSSGGGEAVFTRVNTTPAKILNCGELESPSVLERSKTEGQRLYNILPEEAAQIYDNQISVQEKLSLLSRIATVKHDGTVEFEVPGDVEPQTLGIDTESVYNEVDEEPIDATELQYIPPLQVVMLIVGTRGDVQPFVAIGKRLQDYGHRVRLATHSNFKEFVLASGLEFYPLGGDPKVLAGYMVKNKGFLPSGPSEIPVQRNQMK...
XP_057798223.1
MDGSADLDHPRTPPLTVALPMGRAGGEATSSSSSSDVSVKFAKNVATASPPSNGRSNSSGGGEAVFTRVNTTPAKILNCGELESPSVLERSKTEGQRLYNILPEEAAQIYDNQISVQEKLSLLSRIATVKHDGTVEFEVPGDVEPQTLGIDTESVYNEVDEEPIDATELQYIPPLQVVMLIVGTRGDVQPFVAIGKRLQDYGHRVRLATHSNFKEFVLASGLEFYPLGGDPKVLAGYMVKNKGFLPSGPSEIPVQRNQMK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器