Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003417`

染色体: Chr03 坐标: 52519592-52523402 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003417`
名称	SmilChr03G003417
描述	uncharacterized SmilChr03G003417
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	52519592 - 52523402 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014307`
GeneID	`131014307`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014307`
原始查询	`SmilChr03G003417`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	fringe-like protein (DUF604) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831121]; symbol=AT5G12460; hit=AT5G12460; species=arabidopsis; confidence=medium
产物	fringe-like protein (DUF604) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831121]; symbol=AT5G12460; hit=AT5G12460; species=arabidopsis; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G12460` (AT5G12460) fringe-like protein (DUF604) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831121] identity=42.3; qcov=0.872; evalue=5.99e-125; confidence=medium
Rice	`Os03g0269900` - identity=36.3; qcov=0.923; evalue=8.22e-80; confidence=medium
GO	GO:0008375 (acetylglucosaminyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF02434 (Fringe); PF04646 (DUF604)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014307

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Golgi apparatus	高尔基体	1.00000	`XP_057798224.1`
2	Golgi stack	高尔基堆	0.20000	`XP_057798224.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798224.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798224.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798224.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:52522197`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C45
`Chr3:52522637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B119,B49
`Chr3:52522687`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C3
`Chr3:52522687`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C3
`Chr3:52522782`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B9,C19,C37,C64,D4
`Chr3:52523004`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C49
`Chr3:52523004`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C49
`Chr3:52523045`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C28,C60,C74
`Chr3:52523049`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C19
`Chr3:52523134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B26,B38,B39,C86
`Chr3:52523285`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A5,B10,B64,C24,C39
`Chr3:52523294`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B102,B26,B38,B39,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798224.1

483 aa

242

483

Fringe

DUF604

PF02434 Fringe 162-269 aa PF04646 DUF604 205-458 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798224.1`	Pfam	`PF02434`	Fringe	Domain	162	269	3.9e-10	40.1	Fringe-like
`XP_057798224.1`	Pfam	`PF04646`	DUF604	Family	205	458	1.2e-85	287.7	Protein of unknown function, DUF604

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942241.1
GTACTAACATTTTGATCACGAGTTAATAAAACGCGAGCATACGTGATTTAATTGATCGATACTAAAATGGCTTCTTCATTTTCATGTGGTAAATTTGCTGCAGCTAATCTATGCAAACTCCTCCTAATTTCAGGCCTAGCTATATACTTGATACTCACCATCTCCCTCCCAAATCAGTTAATTTACCAAAAATTCCCAGTTTCCGAATTGTTTTCCTTTTTCCGCATGCACACACAATCCCCTCAATCAACTTCTCCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014307
ATGGCTTCTTCATTTTCATGTGGTAAATTTGCTGCAGCTAATCTATGCAAACTCCTCCTAATTTCAGGCCTAGCTATATACTTGATACTCACCATCTCCCTCCCAAATCAGTTAATTTACCAAAAATTCCCAGTTTCCGAATTGTTTTCCTTTTTCCGCATGCACACACAATCCCCTCAATCAACTTCTCCGACCAATCTGGGTCACCTTGCTTTCGGAATCCTCGGCTCCGAAGGCGGCTGGCATTTCCGCAGAAACTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798224.1
MASSFSCGKFAAANLCKLLLISGLAIYLILTISLPNQLIYQKFPVSELFSFFRMHTQSPQSTSPTNLGHLAFGILGSEGGWHFRRNYVESWWRPNTTRGFVYLDAAPTGDLLPWSARSPAFRVSDNLTKLLEEVKAAEPMAVRIVHGIKELVRDVGEDGDGSVRWVVIGDDDSIFFVDNLVDVVAQYDHTKHYYIGAPSEFYMSNVWFSFNQGFGGAGIVLSYPLAKALANDMDNCLRRHAPYFITADIIIKACVGDIGV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器