Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003433`

染色体: Chr03 坐标: 52693821-52694487 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003433`
名称	SmilChr03G003433
描述	U-box domain-containing protein 40-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	52693821 - 52694487 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014323`
GeneID	`131014323`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014323`
原始查询	`SmilChr03G003433`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	U-box domain-containing protein 40-like
产物	U-box domain-containing protein 40-like
Arabidopsis	`AT5G40140` (AT5G40140) RING/U-box superfamily protein with ARM repeat domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834011] identity=61.1; qcov=0.911; evalue=5.53e-40; confidence=medium
Rice	`Os06g0238000` (OsPUB20) - identity=43.9; qcov=0.79; evalue=2.07e-19; confidence=low
GO	GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014323

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057798239.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057798239.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057798239.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798239.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798239.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:52694047`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	9	A23,B105,B114,B64,B81,B84,B90,C41,C73
`Chr3:52694056`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	50	A16,A18,A22,A8,B114,B115,B122,B125,B131,B138,B140,B20,B21,B27,B3,B31,B33,B4,B41,B42,B43,B52,B57,B59,B68,B78,B8,B97,C10,C11,C14,C23,C27,C40,C44,C54,C55,C61,C62,C64,C66,C69,C70,C74,C75,C77,C87,C9,D7,D8
`Chr3:52694057`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	67	A1,A13,A24,A3,A5,A7,B1,B10,B108,B110,B12,B120,B123,B124,B126,B139,B15,B2,B23,B25,B35,B36,B40,B46,B47,B5,B50,B51,B53,B54,B55,B58,B6,B60,B66,B71,B74,B82,B83,B86,B91,B95,B98,B99,C1,C13,C17,C21,C22,C25,C28,C29,C30,C32,C34,C35,C38,C43,C46,C5,C53,C59,C68,C72,C76,C8,C83
`Chr3:52694113`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:52694143`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	22	B113,B122,B123,B133,B14,B28,B63,B75,B80,B83,B9,B91,B93,C19,C25,C3,C52,C78,C82,D10,D4,D7
`Chr3:52694160`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	61	A24,A25,A6,A8,B100,B106,B110,B115,B118,B119,B120,B125,B126,B127,B128,B13,B131,B140,B23,B27,B33,B37,B4,B42,B43,B56,B58,B6,B63,B95,B96,C1,C10,C11,C14,C20,C21,C23,C26,C27,C35,C38,C39,C40,C52,C54,C57,C63,C69,C7,C70,C71,C72,C74,C79,C8,C82,C87,C9,D1,D5
`Chr3:52694254`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B109,C82
`Chr3:52694258`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:52694281`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:52694331`	`C`	`CG`	1bp_insertion	frameshift_variant	66	A15,A16,A19,A2,A20,A22,A24,A7,B101,B115,B118,B124,B130,B132,B133,B134,B136,B137,B16,B26,B29,B30,B34,B35,B37,B41,B44,B45,B60,B62,B70,B71,B72,B73,B76,B79,B80,B81,B88,B90,B92,B94,C12,C15,C16,C2,C24,C3,C4,C40,C42,C43,C45,C50,C52,C59,C60,C63,C65,C67,C80,C81,C86,D1,D5,D9
`Chr3:52694337`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	66	A15,A16,A19,A2,A20,A22,A24,A7,B101,B115,B118,B124,B130,B132,B133,B134,B136,B137,B16,B26,B29,B30,B34,B35,B37,B41,B44,B45,B60,B62,B70,B71,B72,B73,B76,B79,B80,B81,B88,B90,B92,B94,C12,C15,C16,C2,C24,C3,C4,C40,C42,C43,C45,C50,C52,C59,C60,C63,C65,C67,C80,C81,C86,D1,D5,D9
`Chr3:52694343`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942256.1
CTTGCACACCGCGGATGCTAACAGCTCTGAAATTGTTGATTGCCTCGAGATACTCAAACCTGCACATAAACGCAGCGACGGCGCTGGAGTAGCAGAACATGGTGAAAATCATGCGGTCAGGAATCGTGCCGCCGCTGATCGACGTTGTGATGGGCGGACATGGTGAGGCGCAGGACCACGCAGCCGGCTCGCTTTTCAGCTTATCCCTGGACGAGCAAAACAAGAACGCGATTGGGGTTTTGGGGGCGTTGTCGCCGCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014323
ATGGTGAAAATCATGCGGTCAGGAATCGTGCCGCCGCTGATCGACGTTGTGATGGGCGGACATGGTGAGGCGCAGGACCACGCAGCCGGCTCGCTTTTCAGCTTATCCCTGGACGAGCAAAACAAGAACGCGATTGGGGTTTTGGGGGCGTTGTCGCCGCTTCTCCACACGCTGCGGTTGGACTCGGAGCGGACTCGGTACGACTGGGCCCTGGCATTCTACCATCTGTCGCTGGTGCAGAGCAACCAGGTGAAGATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798239.1
MVKIMRSGIVPPLIDVVMGGHGEAQDHAAGSLFSLSLDEQNKNAIGVLGALSPLLHTLRLDSERTRYDWALAFYHLSLVQSNQVKMIKVGAVHILLRMVKSEHMLGLIIGLCNWRGAWKGGQLC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器