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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003440

染色体: Chr03 坐标: 52793207-52796355 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003440
名称SmilChr03G003440
描述uncharacterized SmilChr03G003440
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52793207 - 52796355 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014330
GeneID131014330
locus_tag-
NCBI NameLOC131014330
原始查询SmilChr03G003440

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述inactive rhomboid protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831133]; symbol=AT5G12930; hit=AT5G12930; species=arabidopsis; confidence=medium
产物inactive rhomboid protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831133]; symbol=AT5G12930; hit=AT5G12930; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G12930 (AT5G12930)
inactive rhomboid protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831133]
identity=44.2; qcov=0.865; evalue=9.43e-85; confidence=medium
RiceOs09g0488600
-
identity=36.5; qcov=1.03; evalue=3.92e-59; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014330

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus membrane 核膜 1.00000 XP_057798246.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057798246.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798246.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798246.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798246.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52793509 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr3:52793622 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C54
Chr3:52793733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B13,B137
Chr3:52794381 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr3:52794615 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B44
Chr3:52794651 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr3:52795353 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:52795548 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B18,B70,C47
Chr3:52795548 TC T 1bp_deletion CDS_variant 3 B18,B70,C47
Chr3:52795830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942263.1
GCCTCTACAAATAATTTGACTTTTCCATGACAATATGATTCTGCAAATCCTCTTGCAAAAATTGAAACAAGAGAGAGAAAGAATAAACCAAAAACCATGAACGGCTAGTTAATAGTAATACCTAGTCTACAGCACTAGCTGCCATTTTCTTTCTCTACAATTTCAAACAATCATACTTTTCCCTCCCACATATATATTTGAATTTTATTTTCAATTCCCATAAAGAAAATTGCATTTTCCAGACGAAAAGAAAAATAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014330
ATGGATTGCGACGACGGCGATTCATGCTTCGCCGCCGGCTTCCCCCCCGCATTGGTCTCATTAACCCCATTCGCTTCCGCGGTCTCACCCTCGCCGCGCCGGCTATCGAGCTGCTTCATGCATCCGGCTACGCCGGTTAGATCAAAACGGCGCCTGGCCTGGGTGTCCCTCCAGGGCCGCCTTGTTGGAGCCGACGAAGCCAGCTCGGCTAAGACTGTTGATCCAAATGGCGTCTTCACCGCCCAAGAGGCGGCGGCGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798246.1
MDCDDGDSCFAAGFPPALVSLTPFASAVSPSPRRLSSCFMHPATPVRSKRRLAWVSLQGRLVGADEASSAKTVDPNGVFTAQEAAAWELFTPVQRVLTVAVVGAAATNSMKNEQISKLKKSVELRDQVLFSMQKKLDNLCEQLNYLKDQPEVETKTTIECGCKLRHHKLPPNDSLINTSTKGSNGDEVFKYKMPISNEAEPDERRMSDLSDWAPSVTSSVDIQLESLALEHDMDSLKKECDEKDATIKELSTYLRSSEVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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