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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003451

染色体: Chr03 坐标: 52867246-52867917 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003451
名称SmilChr03G003451
描述uncharacterized SmilChr03G003451
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52867246 - 52867917 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018986
GeneID131018986
locus_tag-
NCBI NameLOC131018986
原始查询SmilChr03G003451

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os08g0225900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0225900
-
identity=24.6; qcov=1.02; evalue=2.02e-10; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018986

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803654.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803654.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803654.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803654.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803654.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52867271 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C60
Chr3:52867271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr3:52867309 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C73
Chr3:52867311 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B82
Chr3:52867313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B136,B76,C30,C79,C9
Chr3:52867317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C27,C64,C66
Chr3:52867318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B59,B69
Chr3:52867330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B51,C60,D11
Chr3:52867331 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B21,C28,C74
Chr3:52867353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B9,C22,C25,D4
Chr3:52867383 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B117,B51,C60,D11
Chr3:52867383 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B51,C60,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947671.1
ATGTCCCAAAGGTTGCTCCAATATTGGGGTCCAATCACCGAGAAGTACAACAACCTCAAACCGGCGGGAGCGCCAAGGCGTAAGCCTGATCATCTCAAATCCCACTTCGCACGCATCCAAAAGGACACGAAAATTTGGGAGGACTTCTACAACACTTGCAAGGACAATTGGGGCAGCAGTATGAGCGACAACCAAATCATCAAACAAGCTCAGGCGATGTATGAGGCGAATCACAGGAAGAAATTCGGCTACATCAAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018986
ATGTCCCAAAGGTTGCTCCAATATTGGGGTCCAATCACCGAGAAGTACAACAACCTCAAACCGGCGGGAGCGCCAAGGCGTAAGCCTGATCATCTCAAATCCCACTTCGCACGCATCCAAAAGGACACGAAAATTTGGGAGGACTTCTACAACACTTGCAAGGACAATTGGGGCAGCAGTATGAGCGACAACCAAATCATCAAACAAGCTCAGGCGATGTATGAGGCGAATCACAGGAAGAAATTCGGCTACATCAAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803654.1
MSQRLLQYWGPITEKYNNLKPAGAPRRKPDHLKSHFARIQKDTKIWEDFYNTCKDNWGSSMSDNQIIKQAQAMYEANHRKKFGYIKAWKVMRECERFSSQVADVHSAKKSKGFDGQATTTSLEPSITTRPQGQKAAKRDKGKGKKGEESSGKSSYSEALEKVPESMKEHALQTSHIAEAKKKMQAELKREELDMKLLNTDTTNMTDAQLTLHNHMIQEVLKRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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