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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003453

染色体: Chr03 坐标: 52896279-52899417 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003453
名称SmilChr03G003453
描述uncharacterized SmilChr03G003453
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52896279 - 52899417 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014340
GeneID131014340
locus_tag-
NCBI NameLOC131014340
原始查询SmilChr03G003453

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0704600; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os02g0704600; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT5G66480 (AT5G66480)
bacteriophage N4 adsorption B protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836780]
identity=40; qcov=0.541; evalue=2.06e-35; confidence=medium
RiceOs02g0704600
-
identity=39.7; qcov=0.524; evalue=1.11e-36; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014340

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Peroxisome 过氧化物酶体 0.60000 XP_057798257.1
2 Mitochondrion outer membrane 线粒体外膜 0.40000 XP_057798257.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057798257.1
4 Nucleus membrane 核膜 0.20000 XP_057798257.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057798257.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52896719 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B9,C22,C25,D4
Chr3:52896858 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr3:52897803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr3:52897840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:52897962 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,A9,B104,C5
Chr3:52897988 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,A9,B104,B136,C5
Chr3:52897989 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B121,B49
Chr3:52897991 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,A9,B104,B136,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942274.1
TTTTTTTGGAAAAGAAAATGAATTTCTCATACATCTACCGTCGCCCTTTCTTGTCTTCCAATCTTCCTTCCCTAAAACCCACCTTCCCTCCCTCCTACCCACCTCATCTCTCTCTTTACTCTCTCGTCTCTTTACATGGCGGCGAAGCCAAAATAAACCGGAATTCCTCAATTAACAACCATGCCGACCTACACTGCAATCGCGCTAGAAAACCTACTCGAGCCTAGAGTTCGGGATTCCCTCAAGAAGCCCGAGCCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014340
ATGCCGACCTACACTGCAATCGCGCTAGAAAACCTACTCGAGCCTAGAGTTCGGGATTCCCTCAAGAAGCCCGAGCCGGAGGGCCCGAACCCAGAGAATGGGCGCTCGAGGCACCTGTACATATCCCCGGCCCTTTATGCCACGCCGGAGCAGTCACCCATACCCGAGTACTCCTCGCATGACCCTCCCTCCCCTTCTCCTTACGTTGCAAATCACAAGCGCCGCGGAGGAGGGCATGTCAGAATTCCGGAAATGCGCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798257.1
MPTYTAIALENLLEPRVRDSLKKPEPEGPNPENGRSRHLYISPALYATPEQSPIPEYSSHDPPSPSPYVANHKRRGGGHVRIPEMRRGGDETEGSSVEEEEAEKFLNEGVDGVAEEDEGCLDPMSEVASELDAADLSQIQMESRSFVSAQGEFFDAIDEFSSDGSTSNTPSCDHRLESELHASRLNLLEEIEKRKIAEETFLLMHSRWEKIRILMSEAGLTFPAPPAISDGMQLEDQEVDKMSQEVVAAKFVAEAVGRGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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