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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003454`

染色体: Chr03 坐标: 52905128-52906180 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003454`
名称	SmilChr03G003454
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g38150-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	52905128 - 52906180 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014341`
GeneID	`131014341`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014341`
原始查询	`SmilChr03G003454`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g38150-like
产物	pentatricopeptide repeat-containing protein At4g38150-like
Arabidopsis	`AT5G03560` (AT5G03560) Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831789] identity=49.3; qcov=1; evalue=2.39e-81; confidence=high
Rice	`Os06g0308200` (P0414E10.3-1) - identity=55.2; qcov=0.728; evalue=1.76e-71; confidence=high
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF01535 (PPR); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014341

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057798258.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057798258.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798258.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798258.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798258.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:52905431`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A14,B129,B50,C33
`Chr3:52905464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B82
`Chr3:52905553`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:52905602`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A7,B40,B50,B60
`Chr3:52905675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B119,B12,B65,D9
`Chr3:52905766`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B21,C28,C74
`Chr3:52905772`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A14,B129,B50
`Chr3:52905805`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B72
`Chr3:52905805`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798258.1

276 aa

138

276

PPR

PPR_long

PPR_3

PPR_2

PPR

PF01535 PPR 117-141 aa PF17177 PPR_long 129-258 aa PF13812 PPR_3 133-189 aa PF13041 PPR_2 144-192 aa PF01535 PPR 148-177 aa PF01535 PPR 182-211 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798258.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	117	141	4e-17	61.9	PPR repeat
`XP_057798258.1`	Pfam	`PF17177`	PPR_long	Repeat	129	258	4.3e-07	30.3	Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
`XP_057798258.1`	Pfam	`PF13812`	PPR_3	Repeat	133	189	2.7e-12	47.3	Pentatricopeptide repeat domain
`XP_057798258.1`	Pfam	`PF13041`	PPR_2	Repeat	144	192	4.4e-24	85.1	PPR repeat family
`XP_057798258.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	148	177	4e-17	61.9	PPR repeat
`XP_057798258.1`	Pfam	`PF01535`	PPR	Repeat	182	211	4e-17	61.9	PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942275.1
AGTATTTAAAGTTAAATATTCACGGAAAAAACATAAATAAATAAGTGTATAAAGGCCTCCTTCTTGAAGCACATGCTCGTGTAACTTGGCGGTTCTAGAAGTTTCCCTACAACAGAAAACGCAGGGTAGGGCAAGGTGGTTTTCCTCCATTCCCACAGCCGAAACGCCATGGCGCTGAAATCCTTCTTCCTCTCCAAATCTAAATCCCAATTTCCCACCCTCTTAAGCCGCGCCTTCTCCTTCCATTCCTCCTCCGCCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014341
ATGGCGCTGAAATCCTTCTTCCTCTCCAAATCTAAATCCCAATTTCCCACCCTCTTAAGCCGCGCCTTCTCCTTCCATTCCTCCTCCGCCGCCTCATTTTGCACCTCGCCGGAAACCCCTGATCAGCCCCAAAAACCAAACCCCAAACTGATAAACTTCTCCCCTTCCGACACCGATTCCGACTCCGACGCCGCAGCTCCAGCTACACGTCCCGACAAGTCCAAAATCCCACCGCCGTACAACCCGTTCAGCAAGGAGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798258.1
MALKSFFLSKSKSQFPTLLSRAFSFHSSSAASFCTSPETPDQPQKPNPKLINFSPSDTDSDSDAAAPATRPDKSKIPPPYNPFSKEPAIKGPGDPKNLQEVFAKIREDGLMNSAAKMFDGLSQDGLTHEALELFSRIKDRGEMPDVIAYTAVMEAYVDAGQAKEAHKVYLRMLASGVSPNAYTYKVLIRGLAESGAAKEASKYVGEMVGRGMRPNAGTCVAVFEGLLKADLRNEGIQLLEMLKAKGVAPQEDKIRDVIKN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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