Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003461

染色体: Chr03 坐标: 52988123-52996827 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003461
名称SmilChr03G003461
描述flap endonuclease 1
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向52988123 - 52996827 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014348
GeneID131014348
locus_tag-
NCBI NameLOC131014348
原始查询SmilChr03G003461

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述flap endonuclease 1
产物flap endonuclease 1
ArabidopsisAT5G26680 (AT5G26680)
5'-3' exonuclease family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832721]
identity=67.8; qcov=1; evalue=1.88e-165; confidence=high
RiceOs05g0540100 (OsFEN1)
flap endonuclease 1-A-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4339464]
identity=73.1; qcov=0.85; evalue=4.68e-153; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0008409 (5'-3' exonuclease activity); GO:0017108 (5'-flap endonuclease activity)
KEGGsmil03030 (DNA replication - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03410 (Base excision repair - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil03450 (Non-homologous end-joining - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00752 (XPG_N); PF00867 (XPG_I)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014348

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798266.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057798266.1
3 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057798266.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057798272.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798268.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:52988186 ACC A 2bp_deletion frameshift_variant 5 B119,B12,B65,B73,D9
Chr3:52988186 ACC A 2bp_deletion CDS_variant 5 B119,B12,B65,B73,D9
Chr3:52993533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,A9,B82
Chr3:52995582 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B63,B83
Chr3:52995582 C CT 1bp_insertion CDS_variant 2 B63,B83
Chr3:52995877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B119,B12,B73,D9
Chr3:52995907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,C77
Chr3:52996257 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C73
Chr3:52996600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B12,B65,B73,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798266.1
423 aa
N
1
212
423
XPG_N
XPG_I
C
PF00752 XPG_N 1-122 aa PF00867 XPG_I 165-249 aa
XP_057798267.1
420 aa
N
1
210
420
XPG_N
XPG_I
C
PF00752 XPG_N 1-119 aa PF00867 XPG_I 162-246 aa
XP_057798268.1
408 aa
N
1
204
408
XPG_N
XPG_I
C
PF00752 XPG_N 1-107 aa PF00867 XPG_I 150-234 aa
XP_057798270.1
353 aa
N
1
176
353
XPG_N
XPG_I
C
PF00752 XPG_N 5-52 aa PF00867 XPG_I 95-179 aa
XP_057798271.1
353 aa
N
1
176
353
XPG_N
XPG_I
C
PF00752 XPG_N 5-52 aa PF00867 XPG_I 95-179 aa
XP_057798272.1
341 aa
N
1
170
341
XPG_N
XPG_I
C
PF00752 XPG_N 1-40 aa PF00867 XPG_I 83-167 aa
XP_057798273.1
341 aa
N
1
170
341
XPG_N
XPG_I
C
PF00752 XPG_N 1-40 aa PF00867 XPG_I 83-167 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798266.1 Pfam PF00752 XPG_N Family 1 122 2.8e-26 92.6 XPG N-terminal domain
XP_057798266.1 Pfam PF00867 XPG_I Family 165 249 6.1e-32 110.5 XPG I-region
XP_057798267.1 Pfam PF00752 XPG_N Family 1 119 1.4e-26 93.6 XPG N-terminal domain
XP_057798267.1 Pfam PF00867 XPG_I Family 162 246 6e-32 110.6 XPG I-region
XP_057798268.1 Pfam PF00752 XPG_N Family 1 107 1.8e-29 102.9 XPG N-terminal domain
XP_057798268.1 Pfam PF00867 XPG_I Family 150 234 5.7e-32 110.7 XPG I-region
XP_057798270.1 Pfam PF00752 XPG_N Family 5 52 7.6e-13 49.5 XPG N-terminal domain
XP_057798270.1 Pfam PF00867 XPG_I Family 95 179 4.3e-32 111.0 XPG I-region
XP_057798271.1 Pfam PF00752 XPG_N Family 5 52 7.6e-13 49.5 XPG N-terminal domain
XP_057798271.1 Pfam PF00867 XPG_I Family 95 179 4.3e-32 111.0 XPG I-region
XP_057798272.1 Pfam PF00752 XPG_N Family 1 40 1.3e-09 39.1 XPG N-terminal domain
XP_057798272.1 Pfam PF00867 XPG_I Family 83 167 4.1e-32 111.1 XPG I-region
XP_057798273.1 Pfam PF00752 XPG_N Family 1 40 1.3e-09 39.1 XPG N-terminal domain
XP_057798273.1 Pfam PF00867 XPG_I Family 83 167 4.1e-32 111.1 XPG I-region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942285.1
GGGCGGGAAAGGATTACACGGATTATACATCCTCGTTCATTCAGAAAAAACTATACATCCATATCCTTCAATTATCCAAAACAAAGAAATGTATTCAGATTCATATCCCATTTCCTGCAGTTCAAATGGGGATAAAGGGTTTGACGAAGCTATTGGCAGAGAATGCGCCGAACGCGATGAAAGAGCACAAATTCGAAAGCTATTTTGGACGGGAAATTGCAATTGATGCTAGCATGAGCATTTACCAGTTCCTTATTGTT...
XM_057942284.1
GGGCGGGAAAGGATTACACGGATTATACATCCTCGTTCATTCAGAAAAAACTATACATCCATATCCTTCAATTATCCAAAACAAAGAAATGTATTCAGATTCATATCCCATTTCCTGCAGTTCAAATGGGGATAAAGGGTTTGACGAAGCTATTGGCAGAGAATGCGCCGAACGCGATGAAAGAGCACAAATTCGAAAGCTATTTTGGACGGGAAATTGCAATTGATGCTAGCATGAGCATTTACCAGTTCCTTATTGTT...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131014348
ATGGGGATAAAGGGTTTGACGAAGCTATTGGCAGAGAATGCGCCGAACGCGATGAAAGAGCACAAATTCGAAAGCTATTTTGGACGGGAAATTGCAATTGATGCTAGCATGAGCATTTACCAGTTCCTTATTGTTGTTGGAAGACGCGGTACTCAAACGCTTACTAATGAAGCTGGTGAAGTCACAAGTCATTTGCAAGGGATGTTGACGAGGACAATCCGACTCTTGGAAGCTGGAATAAAGCCTGTCTACGTTTTTGA...
LOC131014348
ATGGGGATAAAGGGTTTGACGAAGCTATTGGCAGAGAATGCGCCGAACGCGATGAAAGAGCACAAATTCGAAAGCTATTTTGGACGGGAAATTGCAATTGATGCTAGCATGAGCATTTACCAGTTCCTTATTGTTGTTGGAAGACGCGGTACTCAAACGCTTACTAATGAAGCTGGTGAAGTCACAAGACACTACTGGCAAATCAATAATTGGTGCTTCCTTAGTCATTTGCAAGGGATGTTGACGAGGACAATCCGACT...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057798266.1
MGIKGLTKLLAENAPNAMKEHKFESYFGREIAIDASMSIYQFLIVVGRRGTQTLTNEAGEVTSEYRHYWQINNWCFLSHLQGMLTRTIRLLEAGIKPVYVFDGTPPDLKKEELAKRVLKRADATNDLHDALKKGNAEDIEKYSKRTVKATDQHYEDCKKLLRLMGVPVVEAPCEAESQCAALCKEGKVYAVASEDMDSLAFGAPRFLRHLMDPSSKRTPVVEFKVSKVLEELNLTMDQFIDLCILSGCDYCESIRGIGGL...
XP_057798267.1
MGIKGLTKLLAENAPNAMKEHKFESYFGREIAIDASMSIYQFLIVVGRRGTQTLTNEAGEVTRHYWQINNWCFLSHLQGMLTRTIRLLEAGIKPVYVFDGTPPDLKKEELAKRVLKRADATNDLHDALKKGNAEDIEKYSKRTVKATDQHYEDCKKLLRLMGVPVVEAPCEAESQCAALCKEGKVYAVASEDMDSLAFGAPRFLRHLMDPSSKRTPVVEFKVSKVLEELNLTMDQFIDLCILSGCDYCESIRGIGGLTAL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器