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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003468

染色体: Chr03 坐标: 53126869-53130043 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003468
名称SmilChr03G003468
描述transcription factor PIF3-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53126869 - 53130043 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014354
GeneID131014354
locus_tag-
NCBI NameLOC131014354
原始查询SmilChr03G003468

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor PIF3-like
产物transcription factor PIF3-like
ArabidopsisAT1G09530 (PIF3)
phytochrome interacting factor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837479]
identity=54.7; qcov=0.298; evalue=1.95e-35; confidence=weak
RiceOs01g0286100 (PIL15)
-
identity=53.9; qcov=0.312; evalue=8.16e-36; confidence=low
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04712 (Circadian rhythm - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00010 (HLH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014354

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798281.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798281.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798281.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798281.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057798281.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53127005 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 C32,C68
Chr3:53127005 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 C32,C68
Chr3:53127972 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C29,C36,C39,D2
Chr3:53128009 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 2 B122,B7
Chr3:53128009 T TA 1bp_insertion CDS_variant 2 B122,B7
Chr3:53128031 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B7
Chr3:53128032 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 2 B122,B7
Chr3:53128032 AG A 1bp_deletion CDS_variant 2 B122,B7
Chr3:53128046 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr3:53128168 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 16 A16,A7,B130,B136,B26,B29,B30,B60,B70,B72,B73,B79,B80,C24,C40,C52
Chr3:53128248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr3:53128325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,C34,C6,C64,C66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798281.1
563 aa
N
1
282
563
HLH
C
PF00010 HLH 331-378 aa
XP_057798282.1
559 aa
N
1
280
559
HLH
C
PF00010 HLH 327-374 aa
XP_057798283.1
531 aa
N
1
266
531
HLH
C
PF00010 HLH 299-346 aa
XP_057798284.1
531 aa
N
1
266
531
HLH
C
PF00010 HLH 299-346 aa
XP_057798285.1
531 aa
N
1
266
531
HLH
C
PF00010 HLH 299-346 aa
XP_057798286.1
531 aa
N
1
266
531
HLH
C
PF00010 HLH 299-346 aa
XP_057798287.1
531 aa
N
1
266
531
HLH
C
PF00010 HLH 299-346 aa
XP_057798288.1
492 aa
N
1
246
492
HLH
C
PF00010 HLH 331-378 aa
XP_057798289.1
491 aa
N
1
246
491
HLH
C
PF00010 HLH 331-378 aa
XP_057798290.1
460 aa
N
1
230
460
HLH
C
PF00010 HLH 299-346 aa
XP_057798291.1
459 aa
N
1
230
459
HLH
C
PF00010 HLH 299-346 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798281.1 Pfam PF00010 HLH Domain 331 378 1.3e-13 51.2 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798282.1 Pfam PF00010 HLH Domain 327 374 1.3e-13 51.3 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798283.1 Pfam PF00010 HLH Domain 299 346 1e-13 51.5 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798284.1 Pfam PF00010 HLH Domain 299 346 1e-13 51.5 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798285.1 Pfam PF00010 HLH Domain 299 346 1e-13 51.5 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798286.1 Pfam PF00010 HLH Domain 299 346 1e-13 51.5 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798287.1 Pfam PF00010 HLH Domain 299 346 1e-13 51.5 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798288.1 Pfam PF00010 HLH Domain 331 378 1.1e-13 51.5 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798289.1 Pfam PF00010 HLH Domain 331 378 1.1e-13 51.5 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798290.1 Pfam PF00010 HLH Domain 299 346 8.5e-14 51.8 Helix-loop-helix DNA-binding domain
XP_057798291.1 Pfam PF00010 HLH Domain 299 346 8.3e-14 51.9 Helix-loop-helix DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

11 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942299.1
AACACCACAAGAGAAGTAGTAGTAGTAAAATGAACCGCCAAAAGGAAATGATTACACCAAAGAGAAATGAAATTACAAGAATATATTTCGTCTTCTTCTATCTTGACTTCCACCGCATATCAACCGCCAAATAAGATCAAAAACTTGTTTATTAAAATCAATGGCGTTAGAGAAGAACCAAAATTATCAATTCAGAGGAATAGATTCTCAAATTTTGAGACTAACACCCAACTACGAACAGAAAATGAGTTATTTGCTAG...
XM_057942298.1
AGTAGTAGTAAAATGAACCGCCAAAAGGAAATGATTACACCAAAGAGAAATGAAATTACAAGAATATATTTCGTCTTCTTCTATCTTGACTTCCACCGCATATCAACCGCCAAATAAGGTATATAAAAAGATCAAAAACTTGTTTATTAAAATCAATGGCGTTAGAGAAGAACCAAAATTATCAATTCAGAGGAATAGATTCTCAAATTTTGAGACTAACACCCAACTACGAACAGAAAATGAGTTATTTGCTAGGGATG...

CDS

11 records

下载 CDS FASTA
LOC131014354
ATGAAATTACAAGAATATATTTCGTCTTCTTCTATCTTGACTTCCACCGCATATCAACCGCCAAATAAGGTATATAAAAAGATCAAAAACTTGTTTATTAAAATCAATGGCGTTAGAGAAGAACCAAAATTATCAATTCAGAGGAATAGATTCTCAAATTTTGAGACTAACACCCAACTACGAACAGAAAATGAGTTATTTGCTAGGGATGGTAGAAGCCCCACCCATCTCAGTTTGCAGCCTGATACCCCAAGTGTCTG...
LOC131014354
ATGAAATTACAAGAATATATTTCGTCTTCTTCTATCTTGACTTCCACCGCATATCAACCGCCAAATAAGATCAAAAACTTGTTTATTAAAATCAATGGCGTTAGAGAAGAACCAAAATTATCAATTCAGAGGAATAGATTCTCAAATTTTGAGACTAACACCCAACTACGAACAGAAAATGAGTTATTTGCTAGGGATGGTAGAAGCCCCACCCATCTCAGTTTGCAGCCTGATACCCCAAGTGTCTGTGATGATGCCAC...

Protein

11 records

下载 Protein FASTA
XP_057798281.1
MKLQEYISSSSILTSTAYQPPNKVYKKIKNLFIKINGVREEPKLSIQRNRFSNFETNTQLRTENELFARDGRSPTHLSLQPDTPSVCDDATLGNCTTGRAGKFGGVEYIFNDISPELDSSRKDETAPWISYPKDDTLQDYSSFSAHPLLPSAPSLLNCQDARFWNSEEGRDLVESRNTELPVEEIVSAPRCSATVKRVLIDQLNIMEKDVDLHVPAAVNSRELFVDGRTKNISLDTFMKTDKSLIQSNTIESTRPLDGKT...
XP_057798282.1
MKLQEYISSSSILTSTAYQPPNKIKNLFIKINGVREEPKLSIQRNRFSNFETNTQLRTENELFARDGRSPTHLSLQPDTPSVCDDATLGNCTTGRAGKFGGVEYIFNDISPELDSSRKDETAPWISYPKDDTLQDYSSFSAHPLLPSAPSLLNCQDARFWNSEEGRDLVESRNTELPVEEIVSAPRCSATVKRVLIDQLNIMEKDVDLHVPAAVNSRELFVDGRTKNISLDTFMKTDKSLIQSNTIESTRPLDGKTTVEP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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