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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003469

染色体: Chr03 坐标: 53156395-53162901 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003469
名称SmilChr03G003469
描述uncharacterized SmilChr03G003469
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53156395 - 53162901 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014357
GeneID131014357
locus_tag-
NCBI NameLOC131014357
原始查询SmilChr03G003469

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述D111/G-patch domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832729]; symbol=AT5G26610; hit=AT5G26610; species=arabidopsis; confidence=high
产物D111/G-patch domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832729]; symbol=AT5G26610; hit=AT5G26610; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G26610 (AT5G26610)
D111/G-patch domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832729]
identity=66.9; qcov=1.02; evalue=6.65e-129; confidence=high
RiceOs04g0115400
-
identity=76.2; qcov=0.35; evalue=1.53e-54; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
PfamPF01585 (G-patch)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014357

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798293.1
2 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057798293.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798293.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798293.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057798293.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53161030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:53161870 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B138

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798293.1
300 aa
N
1
150
300
G-patch
C
PF01585 G-patch 64-104 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798293.1 Pfam PF01585 G-patch Family 64 104 4.7e-16 59.1 G-patch domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942310.1
GAAGGAATAGTATGATATGCACTTAGTTAGTTATAGAGGGCTTCAATCGTGATATACGGCGGGGCCAGGAACACAAGTTTTAACAGAGAAAGTGAAACAAATTCCATTGCCAAATCTTTGAGCTTCCCACAAGTTCATCTAGGCTCAGTTTTTAGCCCCAATCGAGGAAATTCCTTGAAAACGCATTGGTTAATTTCTCATCCCAGATCGCCTAGAAGAGCAATATTTCAGCCGGGCATCCAATATTTGTCAAAAGGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014357
ATGGATAGTAGATGGTATAGTGGTAAACAGGAGATGCACACTAGAAAGCAACAAAAAGATGAGGCATATGAGGCTACTGTTCTTGAGGATCTTGCTGAGGATTTTCGTTTACCAATTGGTCACAGAGTCACTGAGAATGTAGATTTGGATAATGTGGAGCAAGCATCTTTAGACACACAGCTGACATCATCAAATGTTGGATTTAGGCTTCTGCAGAAGATGGGATGGAAAGGGAAGGGGCTTGGAAAGGATGAACAAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798293.1
MDSRWYSGKQEMHTRKQQKDEAYEATVLEDLAEDFRLPIGHRVTENVDLDNVEQASLDTQLTSSNVGFRLLQKMGWKGKGLGKDEQGIIEPIKSGIRDAKLGLGKQEEDDYFTAEENIQRRKLDIEVAETEELVKKREVIAEREQKIQSEVKEIRKVFYCDLCNKQYKLAMEFEAHLSSYDHNHRKRFKQMRDMHGSSSRDDRLKREQQRQEREMAKFKQMADTHKQLQQLQNQEEAGTLPAPPAPSNATAVADQDQRKV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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