当前解析结果
SmilChr03G003474| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003474 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003474 |
| 描述 | probable receptor-like protein kinase At5g18500 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 53269330 - 53273731 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131014364 |
|---|---|
| GeneID | 131014364 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014364 |
| 原始查询 | SmilChr03G003474 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable receptor-like protein kinase At5g18500 |
| 产物 | probable receptor-like protein kinase At5g18500 |
| Arabidopsis | AT1G56720 (AT1G56720)Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842128] identity=73; qcov=0.994; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os01g0323000- identity=74.5; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014364 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057798303.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057798303.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798303.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057798303.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057798303.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:53270497 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr3:53270498 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | B83,C59 |
Chr3:53270498 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | B83,C59 |
Chr3:53270834 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B125,B138,B45,B48,B57 |
Chr3:53270937 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C50 |
Chr3:53270944 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B15,B62,C18,C2,C80 |
Chr3:53271761 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C75 |
Chr3:53273302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B109,B112,B22 |
Chr3:53273365 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B77 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798303.1PF00069
Pkinase 188-456 aa
PF07714
PK_Tyr_Ser-Thr 190-458 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798303.1 |
Pfam | PF00069 |
Pkinase | Domain | 188 | 456 | 6.8e-46 | 157.5 | Protein kinase domain |
XP_057798303.1 |
Pfam | PF07714 |
PK_Tyr_Ser-Thr | Domain | 190 | 458 | 1.2e-44 | 153.3 | Protein tyrosine and serine/threonine kinase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。