当前解析结果
SmilChr03G003476| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003476 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003476 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G003476 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 53300558 - 53306500 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018987 |
|---|---|
| GeneID | 131018987 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018987 |
| 原始查询 | SmilChr03G003476 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0315200- identity=35.3; qcov=0.284; evalue=8.78e-25; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis); GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00098 (zf-CCHC); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF08284 (RVP_2); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF19259 (Ty3_capsid); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018987 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803655.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.60000 | XP_057803655.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057803655.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803655.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803655.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:53301210 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B90,C48 |
Chr3:53301215 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A1,A14 |
Chr3:53301275 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,B98 |
Chr3:53301276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B44,B55,B83,C14,C23 |
Chr3:53301321 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A1,B112,B41,B89,B98 |
Chr3:53301358 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B22,B41 |
Chr3:53301358 |
G |
GT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B22,B41 |
Chr3:53301373 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B99 |
Chr3:53301403 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B47,C21,C23 |
Chr3:53301432 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr3:53301489 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr3:53301493 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C14 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803655.1PF19259
Ty3_capsid 37-204 aa
PF03732
PEG10_N-capsid 46-125 aa
PF00098
zf-CCHC 292-308 aa
PF08284
RVP_2 338-467 aa
PF13650
Asp_protease_2 361-447 aa
PF13975
gag-asp_proteas 364-450 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 369-467 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803655.1 |
Pfam | PF19259 |
Ty3_capsid | Domain | 37 | 204 | 1.9e-08 | 34.7 | Ty3 transposon capsid-like protein |
XP_057803655.1 |
Pfam | PF03732 |
PEG10_N-capsid | Domain | 46 | 125 | 3.3e-14 | 53.7 | Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain |
XP_057803655.1 |
Pfam | PF00098 |
zf-CCHC | Domain | 292 | 308 | 1.2e-05 | 25.9 | Zinc knuckle |
XP_057803655.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 338 | 467 | 9.3e-29 | 100.7 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057803655.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 361 | 447 | 3.4e-09 | 38.0 | Aspartyl protease |
XP_057803655.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 364 | 450 | 3.6e-09 | 37.8 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057803655.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 369 | 467 | 2.3e-11 | 44.8 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。