Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003478`

染色体: Chr03 坐标: 53316999-53329390 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003478`
名称	SmilChr03G003478
描述	phototropin-2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	53316999 - 53329390 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014366`
GeneID	`131014366`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014366`
原始查询	`SmilChr03G003478`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	phototropin-2
产物	phototropin-2
Arabidopsis	`AT5G58140` (PHOT2) phototropin 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835926] identity=67.5; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0304200` (PHOT2) - identity=70.6; qcov=0.837; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004674 (protein serine/threonine kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF00989 (PAS); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF08447 (PAS_3); PF13426 (PAS_9)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014366

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057798305.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057798307.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057798305.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798305.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798305.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:53319462`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	45	A1,A10,A11,A13,B101,B113,B120,B121,B13,B131,B139,B2,B36,B4,B49,B52,B54,B69,B7,B78,B79,B83,B86,B87,B94,C17,C28,C29,C30,C33,C35,C38,C40,C41,C44,C49,C5,C51,C52,C58,C59,C61,C75,C9,D4
`Chr3:53320308`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B136
`Chr3:53324821`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	A24,B121,B34,B64,C42,C71
`Chr3:53324823`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C65
`Chr3:53325336`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B80,D4
`Chr3:53325373`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	6	B103,B124,B77,C15,C31,C82
`Chr3:53325724`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:53325945`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	218	A1,A10,A11,A13,A14,A15,A16,A18,A21,A22,A23,A24,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B110,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B121,B122,B124,B125,B126,B128,B129,B13,B131,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B59,B6,B60,B61,B62,B64,B65,B66,B67,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B75,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B87,B88,B89,B9,B91,B93,B94,B95,B96,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C34,C35,C36,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C53,C54,C55,C56,C58,C59,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C73,C74,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C84,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4,D5,D7,D8,D9
`Chr3:53326245`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B15,C15
`Chr3:53326273`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C2
`Chr3:53326273`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C2
`Chr3:53326753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798305.1

937 aa

468

937

PAS_9

PAS_3

PAS

PAS_9

PAS

PAS_3

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF13426 PAS_9 159-255 aa PF08447 PAS_3 165-249 aa PF00989 PAS 165-250 aa PF13426 PAS_9 427-519 aa PF00989 PAS 430-519 aa PF08447 PAS_3 431-516 aa PF00069 Pkinase 607-891 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 609-754 aa

XP_057798306.1

937 aa

468

937

PAS_9

PAS_3

PAS

PAS_9

PAS

PAS_3

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

XP_057798307.1

797 aa

398

797

PAS_9

PAS_3

PAS

PAS_9

PAS

PAS_3

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798305.1`	Pfam	`PF13426`	PAS_9	Domain	159	255	4.2e-44	149.7	PAS domain
`XP_057798305.1`	Pfam	`PF08447`	PAS_3	Domain	165	249	1.2e-17	64.7	PAS fold
`XP_057798305.1`	Pfam	`PF00989`	PAS	Domain	165	250	2.2e-17	63.8	PAS fold
`XP_057798305.1`	Pfam	`PF13426`	PAS_9	Domain	427	519	4.2e-44	149.7	PAS domain
`XP_057798305.1`	Pfam	`PF00989`	PAS	Domain	430	519	2.2e-17	63.8	PAS fold
`XP_057798305.1`	Pfam	`PF08447`	PAS_3	Domain	431	516	1.2e-17	64.7	PAS fold
`XP_057798305.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	607	891	1.1e-59	202.7	Protein kinase domain
`XP_057798305.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	609	754	8.5e-23	81.7	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057798306.1`	Pfam	`PF13426`	PAS_9	Domain	159	255	4.2e-44	149.7	PAS domain
`XP_057798306.1`	Pfam	`PF08447`	PAS_3	Domain	165	249	1.2e-17	64.7	PAS fold
`XP_057798306.1`	Pfam	`PF00989`	PAS	Domain	165	250	2.2e-17	63.8	PAS fold
`XP_057798306.1`	Pfam	`PF13426`	PAS_9	Domain	427	519	4.2e-44	149.7	PAS domain
`XP_057798306.1`	Pfam	`PF00989`	PAS	Domain	430	519	2.2e-17	63.8	PAS fold
`XP_057798306.1`	Pfam	`PF08447`	PAS_3	Domain	431	516	1.2e-17	64.7	PAS fold
`XP_057798306.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	607	891	1.1e-59	202.7	Protein kinase domain
`XP_057798306.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	609	754	8.5e-23	81.7	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057798307.1`	Pfam	`PF13426`	PAS_9	Domain	159	255	2.7e-44	150.4	PAS domain
`XP_057798307.1`	Pfam	`PF08447`	PAS_3	Domain	165	249	9.6e-18	65.0	PAS fold
`XP_057798307.1`	Pfam	`PF00989`	PAS	Domain	165	250	1.4e-17	64.4	PAS fold
`XP_057798307.1`	Pfam	`PF13426`	PAS_9	Domain	427	519	2.7e-44	150.4	PAS domain
`XP_057798307.1`	Pfam	`PF00989`	PAS	Domain	430	519	1.4e-17	64.4	PAS fold
`XP_057798307.1`	Pfam	`PF08447`	PAS_3	Domain	431	516	9.6e-18	65.0	PAS fold
`XP_057798307.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	607	767	7.6e-35	121.3	Protein kinase domain
`XP_057798307.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	609	755	1.2e-15	58.3	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942322.1
GTCACAGGTGTGCAGACGATGGCCACGTACTGCTTCCTGACATTCCTATTTATTCTGTGTACCATATCTTTCCACTTATCCTTTTTCCCCTCTGCATTCATTTCACTCTCTCGCTCTAGCTAACTCCTGCCTCTCTACCATATCTTTCCTTTGTCTTGGAGAATAGGTAGAGAGAAAGAAGAAGATGCTGCTTTGGTGATGATTTCTGGGTGATTTGTTTCATAGTTGGAGATGGAGAGGAGATCGGTAGATGTGTTTGA...

XM_057942323.1
TTTTCCCCTCTGCATTCATTTCACTCTCTCGCTCTAGCTAACTCCTGCCTCTCTACCATATCTTTCCTTTGTCTTGTAAATATTTCGCAATCCTACCTACGCTTACTTTGCTTAGATGAATAGATTCACAATTTTGATCACGTGCAATAGAAATCATAATCATTTTATGGCATATCAAAATTAATCTTCAATTGCTTTACTTCAGTTAGTGGAGTATTTGTTACAATCTTCGCATGGAGAATAGGTAGAGAGAAAGAAGA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA

LOC131014366
ATGGAGAGGAGATCGGTAGATGTGTTTGAACCTTCTGTGAGCCGTAGTGACGTTACTAAGGGTCAAGGAAGTGGTGTGCAGGTGCTTCCGAAGCTAGGGGAACCATCTGTGGATCGGACTCAAGATAAATGGATGGCATTTCAATCCGAGCCTAGCAAGTCTCCAATCACTTCTGCTCTTGATGGTGATGGGAATTCCAATAGAGAGGGAGAGAATGAGGCGGCAGCGAAAAGGATAGCTGAAAGAACTGCGGAGTGGGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA

XP_057798305.1
MERRSVDVFEPSVSRSDVTKGQGSGVQVLPKLGEPSVDRTQDKWMAFQSEPSKSPITSALDGDGNSNREGENEAAAKRIAERTAEWGLMVRTGVGEGSFHAIPIGSGEGENTRNSSERAIGSARSSRDASFGIENPRVSQELKDALATLQQTFVVSDATKPDCPIVYASSGFFTMTGYSSKEVIGKNCRFLQGPDTDQNEVSKIRDATRNGTSYCGRLLNYKKDGTPFWNLLTITPIKDDKGRTIKFIGMQVEVSKYTEG...

XP_057798306.1
MERRSVDVFEPSVSRSDVTKGQGSGVQVLPKLGEPSVDRTQDKWMAFQSEPSKSPITSALDGDGNSNREGENEAAAKRIAERTAEWGLMVRTGVGEGSFHAIPIGSGEGENTRNSSERAIGSARSSRDASFGIENPRVSQELKDALATLQQTFVVSDATKPDCPIVYASSGFFTMTGYSSKEVIGKNCRFLQGPDTDQNEVSKIRDATRNGTSYCGRLLNYKKDGTPFWNLLTITPIKDDKGRTIKFIGMQVEVSKYTEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器