当前解析结果
SmilChr03G003481| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003481 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003481 |
| 描述 | actin-related protein 2/3 complex subunit 2A |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 53362783 - 53370463 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014369 |
|---|---|
| GeneID | 131014369 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014369 |
| 原始查询 | SmilChr03G003481 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | actin-related protein 2/3 complex subunit 2A |
| 产物 | actin-related protein 2/3 complex subunit 2A |
| Arabidopsis | AT1G30825 (DIS2)Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839965] identity=68.4; qcov=0.984; evalue=2.93e-157; confidence=high |
| Rice | Os04g0512300- identity=34.9; qcov=0.974; evalue=2.79e-62; confidence=low |
| GO | GO:0005200 (structural constituent of cytoskeleton); GO:0005885 (Arp2/3 protein complex); GO:0015629 (actin cytoskeleton); GO:0030041 (actin filament polymerization); GO:0034314 (Arp2/3 complex-mediated actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding) |
| KEGG | smil04144 (Endocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04517 (IgSF CAM signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04519 (Cadherin signaling - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil05100 (Bacterial invasion of epithelial cells - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF04045 (P34-Arc) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014369 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057798310.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057798310.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057798310.1 |
| 4 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.40000 | XP_057798310.1 |
| 5 | Nucleolus | 核仁 | 0.20000 | XP_057798311.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:53366403 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B74,C8 |
Chr3:53369068 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798310.1PF04045
P34-Arc 74-297 aa
XP_057798311.1PF04045
P34-Arc 59-282 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798310.1 |
Pfam | PF04045 |
P34-Arc | Family | 74 | 297 | 3e-56 | 191.6 | Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc |
XP_057798311.1 |
Pfam | PF04045 |
P34-Arc | Family | 59 | 282 | 2.7e-56 | 191.8 | Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。