Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003484`

染色体: Chr03 坐标: 53414858-53417863 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003484`
名称	SmilChr03G003484
描述	uncharacterized SmilChr03G003484
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	53414858 - 53417863 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014373`
GeneID	`131014373`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014373`
原始查询	`SmilChr03G003484`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	calcium-binding EF hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833001]; symbol=AT5G28830; hit=AT5G28830; species=arabidopsis; confidence=high
产物	calcium-binding EF hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833001]; symbol=AT5G28830; hit=AT5G28830; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G28830` (AT5G28830) calcium-binding EF hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833001] identity=47.2; qcov=0.961; evalue=1.47e-87; confidence=high
Rice	`Os10g0177200` (OsDSR-1) - identity=23.8; qcov=0.728; evalue=9.95e-08; confidence=weak
GO	GO:0005509 (calcium ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014373

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057798316.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057798316.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798316.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798316.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798316.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:53415692`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr3:53415720`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B17,C87,D10
`Chr3:53416903`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	7	A9,B114,B14,B56,B82,B89,B96
`Chr3:53417460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B11,B79,C45,C72,D3
`Chr3:53417467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B117
`Chr3:53417520`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B64
`Chr3:53417689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B58,B87,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942333.1
AATTTCTTTTGTATATATATTCGTCCATCTTCTAATTGCAAATTGAATTTTCCATATTAACTTCAAGTACGCGCCACGCGGTTTTGTTTTTCTTTCTGTTTCTCTCTCTCACTCCATTTCTCTTGAAAGATTCAACACTCTGTCTTTCTCACACTAGACCTTACCAAATTCCAAGCAATGGCGGAAACAGGACTGACGATCTTCGACGGATCTCAGCTCTCAGATGCCGATGTTTCATTGCCTCCTCCACCTCCAGATAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014373
ATGGCGGAAACAGGACTGACGATCTTCGACGGATCTCAGCTCTCAGATGCCGATGTTTCATTGCCTCCTCCACCTCCAGATACCGCGATCACCGGCGCAGAGGTCCTGGAGCTGGCTGAAACTAGGGCCTCCCTCTCCCTTCTCGGTTTCGTATTGCCGGAAACTCTCAAGTGTTCTGCTCTTCGGCGGATCGGCGTCTCTGATACCTTAGGATTCCGTTCTAAGAAGCTCGATTACTCCGATGCCTGCACAAGTCTTCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798316.1
MAETGLTIFDGSQLSDADVSLPPPPPDTAITGAEVLELAETRASLSLLGFVLPETLKCSALRRIGVSDTLGFRSKKLDYSDACTSLRNYISAIADELKDDPIAVTILDGGSLNMFLEDEDDFAMLAENLFTDLDVEDRGKISKDEIQSALAHMGIESGVPPVSEYPQLNDIFKKHGAAGKEELGQAQFAQLLQPVLQELADSLVMKPVVVVLRNIKLANGSKLKKLLAKERLPDDAVEKIMEEKYERNGDQSCATKIKFY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器