Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003487`

染色体: Chr03 坐标: 53445101-53447388 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003487`
名称	SmilChr03G003487
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	53445101 - 53447388 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018989`
GeneID	`131018989`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018989`
原始查询	`SmilChr03G003487`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
产物	protein FAR1-RELATED SEQUENCE 5-like
Arabidopsis	`AT4G38180` (FRS5) FAR1-related sequence 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829974] identity=26.8; qcov=0.816; evalue=1.24e-48; confidence=low
Rice	`Os06g0166100` - identity=31.6; qcov=0.91; evalue=6e-81; confidence=low
GO	GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF03101 (FAR1); PF10551 (MULE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018989

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803656.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057803656.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803656.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803656.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803656.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:53445133`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B9,C22,C25
`Chr3:53445148`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	6	B16,B67,B89,C16,C47,D4
`Chr3:53445151`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	76	A11,A16,A18,A24,A5,A6,A8,A9,B10,B103,B104,B107,B113,B114,B117,B12,B129,B13,B130,B132,B135,B14,B15,B16,B19,B22,B24,B25,B30,B36,B38,B39,B47,B49,B60,B63,B64,B74,B78,B79,B8,B83,B86,B9,B94,C10,C11,C12,C13,C17,C19,C21,C22,C23,C24,C25,C28,C3,C30,C34,C39,C4,C40,C42,C46,C49,C52,C58,C69,C72,C75,C86,C87,D1,D7,D9
`Chr3:53445158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr3:53445175`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B82,C14
`Chr3:53445185`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr3:53445187`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B124,B17
`Chr3:53445208`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B138,B81,B87,C46,C53
`Chr3:53445229`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B86,C35
`Chr3:53445230`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B140,C85
`Chr3:53445234`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B1,B55,B57,B94,D1
`Chr3:53445249`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B120,B21,C28,C67,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803656.1

566 aa

283

566

FAR1

MULE

PF03101 FAR1 113-188 aa PF10551 MULE 293-379 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803656.1`	Pfam	`PF03101`	FAR1	Domain	113	188	8.3e-13	49.6	FAR1 DNA-binding domain
`XP_057803656.1`	Pfam	`PF10551`	MULE	Domain	293	379	4.4e-17	63.0	MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947673.1
ATGGTGTTAGATTTGAATGTGCCGGCTGGAATAGATGAATTGGAATATTACAATAATATTGTCAATGATGATGCAATAGACTGGGGTATGAATAATGTTCGTGCTGAGGATTTTTCAGCATATGGGTTTGAAACGGAAGAAAATGTGAATGTAGAAGATGTAGATGTGAATGAAGACGTTGTGAATGAAGAAGAAGAGAATGTTGAAGCTGTGGAATCTGAGTTTCTCGTCGATGGTGAAGATGTGGCGAATGAAGATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018989
ATGGTGTTAGATTTGAATGTGCCGGCTGGAATAGATGAATTGGAATATTACAATAATATTGTCAATGATGATGCAATAGACTGGGGTATGAATAATGTTCGTGCTGAGGATTTTTCAGCATATGGGTTTGAAACGGAAGAAAATGTGAATGTAGAAGATGTAGATGTGAATGAAGACGTTGTGAATGAAGAAGAAGAGAATGTTGAAGCTGTGGAATCTGAGTTTCTCGTCGATGGTGAAGATGTGGCGAATGAAGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803656.1
MVLDLNVPAGIDELEYYNNIVNDDAIDWGMNNVRAEDFSAYGFETEENVNVEDVDVNEDVVNEEEENVEAVESEFLVDGEDVANEDVNLSSRELEDKLSPGCLVDGVDEAFLLYCAYAKMTGFSVRRGNEEKFRRTKILRMKTFVCSCRGSTPSSHIDGRLPVYKKQTTRSNCQALLRVARVEGGPWKKSMLEALTSAGIPINRACRFMENESGGLENAKFIRKDAYHHMDNVRKKSKMTDGDATALMQYFVDKSNKEPF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器