Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003495`

染色体: Chr03 坐标: 53514411-53518819 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003495`
名称	SmilChr03G003495
描述	protein WVD2-like 2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	53514411 - 53518819 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014384`
GeneID	`131014384`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014384`
原始查询	`SmilChr03G003495`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein WVD2-like 2
产物	protein WVD2-like 2
Arabidopsis	`AT1G54460` (AT1G54460) TPX2 (targeting protein for Xklp2) protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841888] identity=38.7; qcov=0.976; evalue=1.13e-53; confidence=medium
Rice	`Os07g0185432` (OsBIP116b) - identity=45.1; qcov=0.745; evalue=3.92e-46; confidence=medium
GO	GO:0000226 (microtubule cytoskeleton organization); GO:0008017 (microtubule binding)
KEGG	-
Pfam	PF06886 (TPX2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014384

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057798327.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798327.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798327.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798327.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057798327.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:53514730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:53514791`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B121,B58,B87,C31
`Chr3:53514794`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B91,C16,D7
`Chr3:53515154`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B9,C22,C25,D4
`Chr3:53516255`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B91,C16,D7
`Chr3:53516498`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr3:53516631`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:53516706`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B51
`Chr3:53516706`	`A`	`ATT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798327.1

381 aa

190

381

TPX2

PF06886 TPX2 204-273 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798327.1`	Pfam	`PF06886`	TPX2	Domain	204	273	3.5e-22	78.8	Targeting protein for Xklp2 (TPX2) domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942344.1
AAAAGAGACAAAGCAATATGGCAAATAAATCAGCAACGGCCCGACATTAGCGGTTTCGAGATTCGAGAGAAACCAGACGACTAGAAAAACAAATAAACAACAACTCAAAAAGAAAGAAAAAAAGAAAAATAAATAATCAAAATAAAAAACATTGATAAAAGGGAAAAAGAAAAGGGCTAGGTGAAATATGCTGTTAGAAAAACAGAACAGAGAGAGAGAGAGCAGAAAACCTCCGTTGGTTTAGAGAGAGAGAGAGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014384
ATGGGGAGAGATGTTGTAGGTCTTCGTATTGACAAGAAGTCAAACATGGTGAATGATAAATCAAATGGCACCATCCGTGTTGCTCCAAAAGTAGTACCAGAGAAATCTGGAAAAAATGATTATGAGATGAATGATGATAACACAAATGCTCGACTTCCGGACGACTACGATGAGAAACAAGATGTGCTAGGGGTGAAAAGCACCAATCACCAACCCGAGGAGAAGATTATTAAGGCCGATGCTCAGAAGTCTCCTGACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798327.1
MGRDVVGLRIDKKSNMVNDKSNGTIRVAPKVVPEKSGKNDYEMNDDNTNARLPDDYDEKQDVLGVKSTNHQPEEKIIKADAQKSPDKKSTSPTKPASGSAVNGITDADPFEPLTPSVEDDKQNSPVNHANGSESNDSGIEVLPKSRDLHSPGSAKKSPPIAHLSSRKLMQPHCKNYNDDEDNWSLASSTATSVRMRVTVPVAPRFNCVNRLERRKEFYTKLEEKHKALEKEKLDYEARTKEEEHAAIKQLRRNMMYKANP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器