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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003499

染色体: Chr03 坐标: 53605844-53609669 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003499
名称SmilChr03G003499
描述uncharacterized protein At2g34160-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53605844 - 53609669 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014388
GeneID131014388
locus_tag-
NCBI NameLOC131014388
原始查询SmilChr03G003499

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819620]; symbol=DAN1; hit=AT3G04620; species=arabidopsis; confidence=high
产物Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819620]; symbol=DAN1; hit=AT3G04620; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT3G04620 (DAN1)
Alba DNA/RNA-binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819620]
identity=75.5; qcov=0.786; evalue=8.56e-56; confidence=high
RiceOs06g0602600
-
identity=77.1; qcov=0.686; evalue=7.29e-50; confidence=medium
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF01918 (Alba)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014388

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057798330.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057798330.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057798330.1
4 Nucleolus 核仁 0.20000 XP_057798330.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798330.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53609263 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C37

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798330.1
140 aa
N
1
70
140
Alba
C
PF01918 Alba 19-70 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798330.1 Pfam PF01918 Alba Domain 19 70 1.5e-13 51.0 Alba

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942347.1
CTCCCACTTTGTAGATAAAGCAAATCTGAGAAATAAAAAGAAAAAAATATTAGATAAACTCGAACAGAGAAAAGAAAGAATAGGAGTAGCTAAAAGATAGAGTTGTTGAGAAAAAATGACGATGGCACCAGCTGCAATGAAACAAACGAACAATGATAATATGAAGAAGAACAGGATTCAGGTGTCTAACACAAAGAAACCACTCTTCTTCTATGTCAATCTTGCCAAGAGGTACTTACAACAACACAATGAGATTGAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014388
ATGACGATGGCACCAGCTGCAATGAAACAAACGAACAATGATAATATGAAGAAGAACAGGATTCAGGTGTCTAACACAAAGAAACCACTCTTCTTCTATGTCAATCTTGCCAAGAGGTACTTACAACAACACAATGAGATTGAGCTTTCTGCTTTGGGCATGGCAATAACAACGGTAGTAACAATAGCTGAGATCTTGAAGAACAATGGATTCGCCAAAGAAAAAGGTATTTTAACATCCACAGTCGGCATGAAAGATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798330.1
MTMAPAAMKQTNNDNMKKNRIQVSNTKKPLFFYVNLAKRYLQQHNEIELSALGMAITTVVTIAEILKNNGFAKEKGILTSTVGMKDQDKGRVVHKARIEIILEKSEKFDSLMSSSQAAATNGKVATDEKAVANGKVEIKQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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