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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003504

染色体: Chr03 坐标: 53647339-53653040 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003504
名称SmilChr03G003504
描述protein RBL
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53647339 - 53653040 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014391
GeneID131014391
locus_tag-
NCBI NameLOC131014391
原始查询SmilChr03G003504

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein RBL
产物protein RBL
ArabidopsisAT3G21060 (RBL)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821658]
identity=71.9; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0207900 (OsWD40-65)
-
identity=62; qcov=0.98; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0048188 (Set1C/COMPASS complex); GO:0051568 (GO:0051568)
KEGG-
PfamPF00400 (WD40)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014391

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798333.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057798333.1
3 Nuclear body 核内小体 0.40000 XP_057798335.1
4 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057798333.1
5 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057798333.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53647716 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 55 A11,A21,A23,A3,A7,B111,B114,B123,B126,B130,B135,B136,B14,B18,B2,B24,B25,B29,B3,B30,B33,B35,B37,B42,B43,B55,B60,B66,B70,B73,B74,B8,B80,B84,B90,B91,B92,B94,B97,C15,C16,C21,C27,C37,C45,C47,C55,C62,C77,C8,C83,C85,C87,D1,D11
Chr3:53650158 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:53650345 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr3:53650652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr3:53650764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B133,B59
Chr3:53650877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:53651119 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr3:53651287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr3:53652539 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,B95

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798333.1
524 aa
N
1
262
524
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 22-51 aa PF00400 WD40 69-95 aa PF00400 WD40 219-243 aa
XP_057798334.1
524 aa
N
1
262
524
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 22-51 aa PF00400 WD40 69-95 aa PF00400 WD40 219-243 aa
XP_057798335.1
505 aa
N
1
252
505
WD40
WD40
WD40
C
PF00400 WD40 22-51 aa PF00400 WD40 69-95 aa PF00400 WD40 219-243 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798333.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 22 51 1.4e-22 79.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057798333.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 69 95 1.4e-22 79.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057798333.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 219 243 1.4e-22 79.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057798334.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 22 51 1.4e-22 79.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057798334.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 69 95 1.4e-22 79.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057798334.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 219 243 1.4e-22 79.8 WD domain, G-beta repeat
XP_057798335.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 22 51 1.1e-22 80.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057798335.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 69 95 1.1e-22 80.2 WD domain, G-beta repeat
XP_057798335.1 Pfam PF00400 WD40 Repeat 219 243 1.1e-22 80.2 WD domain, G-beta repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942352.1
AAAAAACTATGTTGACCTTGGTCGGGACTTGGAGTTTGAGGTGGTATTTAGTTCCTCCAAATTTTTAGTAGCACAAATCTAAAACCCCTAAATCTCACGGCAGACGTCAGAATTCCTAAATTGACCCAAAATCTGATTTCAACTCTCCACCCCTTTTGCCGCTCACTCTCGTCAATTCGGCTCCGACTGATTATTTTTTGCAATGGGTCAGTGTTGACGCACTCAGAAATTTGTAAATTGTTTTAACTCTGGAGCAAATT...
XM_057942350.1
AAAAAACTATGTTGACCTTGGTCGGGACTTGGAGTTTGAGGTGGTATTTAGTTCCTCCAAATTTTTAGTAGCACAAATCTAAAACCCCTAAATCTCACGGCAGACGTCAGAATTCCTAAATTGACCCAAAATCTGATTTCAACTCTCCACCCCTTTTGCCGCTCACTCTCGTCAATTCGGCTCCGACTGATTATTTTTTGCAATGGGTCAGTGTTGACGCACTCAGAAATTTGTAAATTGTTTTAACTCTGGAGCAAATT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014391
ATGAACGCCCCCATTATTGACCCGCTACAGGGTGATTTTCCAGAAGTGATAGAGGAGTATCTGGAGCATGGAGTTATGAAATGTATCGCCTTTAATCGCCGTGGAAACCTTCTTGCTGCTGGGTGTTCTGATGGAAGTTGTATCATATGGGATTTTGAAACCAGAGGCATTGCTAAAGAATTCAAAGATAAGGACTGTGTTGCCGCAATAACAAGTGTCTGTTGGTCCAAGTATGGCCACCGCATACTGGTGGCAGCTGC...
LOC131014391
ATGAACGCCCCCATTATTGACCCGCTACAGGGTGATTTTCCAGAAGTGATAGAGGAGTATCTGGAGCATGGAGTTATGAAATGTATCGCCTTTAATCGCCGTGGAAACCTTCTTGCTGCTGGGTGTTCTGATGGAAGTTGTATCATATGGGATTTTGAAACCAGAGGCATTGCTAAAGAATTCAAAGATAAGGACTGTGTTGCCGCAATAACAAGTGTCTGTTGGTCCAAGTATGGCCACCGCATACTGGTGGCAGCTGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798333.1
MNAPIIDPLQGDFPEVIEEYLEHGVMKCIAFNRRGNLLAAGCSDGSCIIWDFETRGIAKEFKDKDCVAAITSVCWSKYGHRILVAAADKTLTLWDVVKGERIARTVLQQTPLQARLHPGSSTPSICLACPLSSAPMIVDLLTETTIVLPVSLSDIGNGATPPLRNKFSDGSAPFTPTAACFNKYGDLVYVGNSKGEILIIDSISIEIRGIVSVPGSAVIKNIVFSRSGQYLLTNSNDRTIRIYENLLPLKGGLAALDKAN...
XP_057798334.1
MNAPIIDPLQGDFPEVIEEYLEHGVMKCIAFNRRGNLLAAGCSDGSCIIWDFETRGIAKEFKDKDCVAAITSVCWSKYGHRILVAAADKTLTLWDVVKGERIARTVLQQTPLQARLHPGSSTPSICLACPLSSAPMIVDLLTETTIVLPVSLSDIGNGATPPLRNKFSDGSAPFTPTAACFNKYGDLVYVGNSKGEILIIDSISIEIRGIVSVPGSAVIKNIVFSRSGQYLLTNSNDRTIRIYENLLPLKGGLAALDKAN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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