Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003509`

染色体: Chr03 坐标: 53698350-53711754 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003509`
名称	SmilChr03G003509
描述	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	53698350 - 53711754 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014399`
GeneID	`131014399`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014399`
原始查询	`SmilChr03G003509`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3
产物	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3
Arabidopsis	`AT5G04895` (ABO6) DEA(D/H)-box RNA helicase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830371] identity=80.6; qcov=0.951; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0748800` - identity=81.1; qcov=0.947; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005622 (intracellular anatomical structure); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00035 (dsrm); PF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF04408 (WHD_HA2); PF07717 (OB_NTP_bind); PF21010 (HA2_C); PF26026 (RNA_hel_CTD); PF27261 (DEXH1_3_5_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014399

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057798337.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.60000	`XP_057798337.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057798337.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798337.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798337.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:53699345`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B74
`Chr3:53701657`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr3:53701673`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr3:53702805`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:53702831`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr3:53705141`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr3:53705160`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr3:53705191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr3:53706245`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B91,C16,D7
`Chr3:53706283`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B133,B91,C16,D7
`Chr3:53707647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr3:53707649`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798337.1

1161 aa

580

1161

DEXH1_3_5_N

DEAD

Helicase_C

WHD_HA2

HA2_C

OB_NTP_bind

RNA_hel_CTD

dsrm

PF27261 DEXH1_3_5_N 95-166 aa PF00270 DEAD 269-422 aa PF00271 Helicase_C 530-659 aa PF04408 WHD_HA2 723-751 aa PF21010 HA2_C 752-812 aa PF07717 OB_NTP_bind 881-962 aa PF26026 RNA_hel_CTD 971-1029 aa PF00035 dsrm 1062-1124 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798337.1`	Pfam	`PF27261`	DEXH1_3_5_N	Domain	95	166	1.5e-34	118.8	DEXH1_3_5, N-terminal domain
`XP_057798337.1`	Pfam	`PF00270`	DEAD	Domain	269	422	4.3e-09	37.0	DEAD/DEAH box helicase
`XP_057798337.1`	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	530	659	4.2e-11	43.8	Helicase conserved C-terminal domain
`XP_057798337.1`	Pfam	`PF04408`	WHD_HA2	Domain	723	751	1.7e-06	28.7	Helicase associated domain (HA2), winged-helix
`XP_057798337.1`	Pfam	`PF21010`	HA2_C	Domain	752	812	6.7e-15	56.1	Helicase associated domain (HA2), ratchet-like
`XP_057798337.1`	Pfam	`PF07717`	OB_NTP_bind	Domain	881	962	9.3e-17	61.7	Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold
`XP_057798337.1`	Pfam	`PF26026`	RNA_hel_CTD	Domain	971	1029	1.7e-23	82.9	C-terminal domain in RNA helicases
`XP_057798337.1`	Pfam	`PF00035`	dsrm	Domain	1062	1124	1.1e-06	29.8	Double-stranded RNA binding motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942354.1
ATAATAAATTAAGTGGGAACAATAGAAGAAGAGGGAAAAACCGCCATGGTACAGTCCTCTCTTCGCCCACAATGCATTCCCGGCTAAGAGCGTTACTTGCACGCGCCGCCAGAAAATCCGCCGCTCTTTCTTCCCCTTCATATTTGCGGAATCCCCGAGTTGTGCCTATCGCTGACTATACTACCGTTGCCAATGCTGTGGAAAATTATGTTTGGTCCAAGCACCAAAGCTTGAGTTGTCACTCTGTTGTAGTGCGGCGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014399
ATGCATTCCCGGCTAAGAGCGTTACTTGCACGCGCCGCCAGAAAATCCGCCGCTCTTTCTTCCCCTTCATATTTGCGGAATCCCCGAGTTGTGCCTATCGCTGACTATACTACCGTTGCCAATGCTGTGGAAAATTATGTTTGGTCCAAGCACCAAAGCTTGAGTTGTCACTCTGTTGTAGTGCGGCGGCTGCTCTGTGGCTACGCTGTCGAGCAGTTCTCCGACGATGAATATGAATGCGATTACGAAAACCACCCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798337.1
MHSRLRALLARAARKSAALSSPSYLRNPRVVPIADYTTVANAVENYVWSKHQSLSCHSVVVRRLLCGYAVEQFSDDEYECDYENHPPSSSVANIDEWKWKLSMLLRNDKDQEIISRDKRDKRDFEQISNLAKSMGLYCQLYGKVIVASKVPLPNYRPDLDDKRPQREVVIPLSLQRRVESLLQEHLDRTTLNSKKAGQTSNKMESSNPAENVDSTEHADPFLDASVMEKVLQRRSLRLRNMQRTWQESPEGRRMLDFRKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器