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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003521

染色体: Chr03 坐标: 53811210-53814400 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003521
名称SmilChr03G003521
描述BAG family molecular chaperone regulator 7-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53811210 - 53814400 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014409
GeneID131014409
locus_tag-
NCBI NameLOC131014409
原始查询SmilChr03G003521

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述BAG family molecular chaperone regulator 7-like
产物BAG family molecular chaperone regulator 7-like
ArabidopsisAT5G62390 (BAG7)
BCL-2-associated athano 7 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836360]
identity=43; qcov=1.2; evalue=1.9e-88; confidence=medium
RiceOs06g0104400 (P0644B06.3-1)
-
identity=39.1; qcov=1.04; evalue=6.76e-67; confidence=medium
GOGO:0006457 (protein folding); GO:0009506 (plasmodesma); GO:0051087 (protein-folding chaperone binding)
KEGG-
PfamPF02179 (BAG); PF28661 (BAG7_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014409

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057798351.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057798351.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798351.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798351.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798351.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53811559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:53811584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr3:53811593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B129,B50,B78,C33
Chr3:53811775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:53811839 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B49,B51,C49
Chr3:53811920 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B124
Chr3:53811920 CA C 1bp_deletion CDS_variant 1 B124
Chr3:53813358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B111,C8,D6
Chr3:53813390 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B16,B90,B92,C59
Chr3:53813442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B106
Chr3:53814028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798351.1
377 aa
N
1
188
377
BAG7_N
BAG
C
PF28661 BAG7_N 109-209 aa PF02179 BAG 261-326 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798351.1 Pfam PF28661 BAG7_N Domain 109 209 5.9e-26 92.1 BAG7 N-terminal domain
XP_057798351.1 Pfam PF02179 BAG Family 261 326 3.8e-06 28.0 BAG domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942368.1
CTACAATTTACAATCACAGTCACTCAGACTCAGTCACTCCTCTTTTCGACTTGAATTGAAGGAACCAATTCTCCTCTTATTCTGGCTTTCTCTATCTTCAACATCCTCTTCCCCACATCTCACTTTCAAGAAATTGTTTTCTTAATTGGTTGAAGCTCCAACATGAGTAGATTAAGGAGATTCGAGATTGTCGAACACCAACCCTCTCCCTCCTATTTCCTCAAACAAACCTCCATTTTCGACTCACCAAGAGCTCTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014409
ATGAGTAGATTAAGGAGATTCGAGATTGTCGAACACCAACCCTCTCCCTCCTATTTCCTCAAACAAACCTCCATTTTCGACTCACCAAGAGCTCTCAGACTAAACAAATGGTTCCCCATTGTCGAACAGGAGCTCGACCTCCTCGCCTTTGCTCCCACTCCTCCACTCCTGCTCCACGATTTCGAAGCCGTCGCCGATCTGATCCAGATCCACCGCACCTCCCGCTTCCCCGACCCCTACCTGCAGACGCTCAGCGACCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798351.1
MSRLRRFEIVEHQPSPSYFLKQTSIFDSPRALRLNKWFPIVEQELDLLAFAPTPPLLLHDFEAVADLIQIHRTSRFPDPYLQTLSDRVSALELGLDRLAKEEERERDSKYSWTAEIKSPDDGRKYKWTAEKKGLARSYKVTAEIKKKGAVEQTYTFKVSSGDSQSVVGKTEKKKKCEKVKEKGKKSVVSRIVEVEEPSYHGGIVLRQAFSKTVDKRRGKRKELSPQEAATLIQKSFRAYLIQRSQSLRALRELAIAKTKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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