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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003528

染色体: Chr03 坐标: 53889038-53890012 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003528
名称SmilChr03G003528
描述21 kDa protein-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53889038 - 53890012 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014415
GeneID131014415
locus_tag-
NCBI NameLOC131014415
原始查询SmilChr03G003528

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述21 kDa protein-like
产物21 kDa protein-like
ArabidopsisAT5G62360 (AT5G62360)
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836357]
identity=56.8; qcov=0.822; evalue=1.35e-64; confidence=high
RiceOs06g0711800
-
identity=41.2; qcov=0.863; evalue=1.08e-31; confidence=medium
GOGO:0004857 (enzyme inhibitor activity); GO:0043086 (negative regulation of catalytic activity)
KEGG-
PfamPF04043 (PMEI)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014415

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057798363.1
2 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057798363.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798363.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798363.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798363.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53889273 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B28,C5,D3
Chr3:53889273 G GC 1bp_insertion CDS_variant 3 B28,C5,D3
Chr3:53889278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:53889430 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr3:53889430 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798363.1
197 aa
N
1
98
197
PMEI
C
PF04043 PMEI 36-188 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798363.1 Pfam PF04043 PMEI Domain 36 188 6e-40 137.6 Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942380.1
GTGACACTACCACTACATCAAGTGGATTCCTATAACTCACACTCAAGACTAAGTAACCCACTTGAGATCCTCTGTAATTAACCCTTGATTTTGTGCCTATATATAGACCATTTCTCCACCAAAATATCCACAACCAAACACTAACAAGTTTCACACACAAACACACACATTGATCCGAAAATGATGACGTGGAGAGGCATATCTTCAGTTGTAGTAATATTGTTGGTGGCAGTTATGGAGTCCGGTTGCGAAAGCAGAGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014415
ATGATGACGTGGAGAGGCATATCTTCAGTTGTAGTAATATTGTTGGTGGCAGTTATGGAGTCCGGTTGCGAAAGCAGAGGTGTGGGCGGGTCCAGGAGCACCGAGTTCATCCGAACATCCTGCTCCACCACCTCCTACCCCAAGCTCTGCTACTCCTCCCTCTCCACCCACGCCACCGCCATCCAGCAAAACCCCAAGCTCCTCGCCAACGCCGCCCTCTCCGTCAGCCTCCACACCGCCCTCTCCACCTCCGCCGACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798363.1
MMTWRGISSVVVILLVAVMESGCESRGVGGSRSTEFIRTSCSTTSYPKLCYSSLSTHATAIQQNPKLLANAALSVSLHTALSTSADMLKLSHAAGMTPREVGAMRDCVEELADSVDQLRKSMAEMNQIKASNFPSIMSDVQTWVSAALTDESTCMDGFAGKLMAGGVKTAVRGKIENVAHMTSNALSLINAYATLRA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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