当前解析结果
SmilChr03G003528| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003528 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003528 |
| 描述 | 21 kDa protein-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 53889038 - 53890012 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131014415 |
|---|---|
| GeneID | 131014415 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131014415 |
| 原始查询 | SmilChr03G003528 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 21 kDa protein-like |
| 产物 | 21 kDa protein-like |
| Arabidopsis | AT5G62360 (AT5G62360)Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836357] identity=56.8; qcov=0.822; evalue=1.35e-64; confidence=high |
| Rice | Os06g0711800- identity=41.2; qcov=0.863; evalue=1.08e-31; confidence=medium |
| GO | GO:0004857 (enzyme inhibitor activity); GO:0043086 (negative regulation of catalytic activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04043 (PMEI) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131014415 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.60000 | XP_057798363.1 |
| 2 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057798363.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057798363.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057798363.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057798363.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:53889273 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B28,C5,D3 |
Chr3:53889273 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B28,C5,D3 |
Chr3:53889278 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B97 |
Chr3:53889430 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B75 |
Chr3:53889430 |
AC |
A |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057798363.1PF04043
PMEI 36-188 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057798363.1 |
Pfam | PF04043 |
PMEI | Domain | 36 | 188 | 6e-40 | 137.6 | Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。