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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003533

染色体: Chr03 坐标: 53934900-53939585 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003533
名称SmilChr03G003533
描述UMP-CMP kinase-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向53934900 - 53939585 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014417
GeneID131014417
locus_tag-
NCBI NameLOC131014417
原始查询SmilChr03G003533

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UMP-CMP kinase-like
产物UMP-CMP kinase-like
ArabidopsisAT4G25280 (AT4G25280)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828631]
identity=66.5; qcov=0.99; evalue=4.79e-95; confidence=high
RiceOs04g0105500
-
identity=66; qcov=0.944; evalue=1.23e-92; confidence=high
GOGO:0004127 (GO:0004127); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006207 ('de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process); GO:0006225 (UDP biosynthetic process); GO:0033862 (UMP kinase activity); GO:0046705 (CDP biosynthetic process)
KEGGsmil00240 (Pyrimidine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00406 (ADK); PF13207 (AAA_17); PF13238 (AAA_18)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014417

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798365.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057798369.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798370.1
4 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.40000 XP_057798367.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798365.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:53938971 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798365.1
261 aa
N
1
130
261
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13238 AAA_18 55-182 aa PF00406 ADK 56-208 aa PF13207 AAA_17 57-187 aa
XP_057798366.1
257 aa
N
1
128
257
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13238 AAA_18 51-178 aa PF00406 ADK 52-204 aa PF13207 AAA_17 53-183 aa
XP_057798367.1
234 aa
N
1
117
234
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13238 AAA_18 55-182 aa PF00406 ADK 56-208 aa PF13207 AAA_17 57-187 aa
XP_057798368.1
230 aa
N
1
115
230
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13238 AAA_18 51-178 aa PF00406 ADK 52-204 aa PF13207 AAA_17 53-183 aa
XP_057798369.1
223 aa
N
1
112
223
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13238 AAA_18 17-144 aa PF00406 ADK 18-170 aa PF13207 AAA_17 19-149 aa
XP_057798370.1
196 aa
N
1
98
196
AAA_18
ADK
AAA_17
C
PF13238 AAA_18 17-144 aa PF00406 ADK 18-170 aa PF13207 AAA_17 19-149 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798365.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 55 182 5e-09 37.4 AAA domain
XP_057798365.1 Pfam PF00406 ADK Domain 56 208 3.3e-45 154.6 Adenylate kinase
XP_057798365.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 57 187 1.3e-31 110.5 AAA domain
XP_057798366.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 51 178 4.8e-09 37.5 AAA domain
XP_057798366.1 Pfam PF00406 ADK Domain 52 204 3.3e-45 154.6 Adenylate kinase
XP_057798366.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 53 183 1.2e-31 110.5 AAA domain
XP_057798367.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 55 182 3.8e-09 37.8 AAA domain
XP_057798367.1 Pfam PF00406 ADK Domain 56 208 2.5e-45 155.0 Adenylate kinase
XP_057798367.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 57 187 9.5e-32 110.9 AAA domain
XP_057798368.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 51 178 3.6e-09 37.9 AAA domain
XP_057798368.1 Pfam PF00406 ADK Domain 52 204 2.4e-45 155.1 Adenylate kinase
XP_057798368.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 53 183 9e-32 110.9 AAA domain
XP_057798369.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 17 144 3.3e-09 38.0 AAA domain
XP_057798369.1 Pfam PF00406 ADK Domain 18 170 2.2e-45 155.2 Adenylate kinase
XP_057798369.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 19 149 8.3e-32 111.0 AAA domain
XP_057798370.1 Pfam PF13238 AAA_18 Domain 17 144 2.3e-09 38.5 AAA domain
XP_057798370.1 Pfam PF00406 ADK Domain 18 170 1.5e-45 155.7 Adenylate kinase
XP_057798370.1 Pfam PF13207 AAA_17 Domain 19 149 5.8e-32 111.5 AAA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942384.1
AATGGATTATAGGTCGGTTTGGGCAGGAGGTGACGCGCACCGAAGAATAGCCTATTTCATTTCTTTCTATCACCACATGAAATTGATGCACAGTAATCTGAAGGAAGCTTTACAGTGTAATTACATCAAACTACTATTTTAATTAATTATAAGCTTAATTCTCAGTGACTTGGATTTAGGGCGTCAGCCGATGAAGTTGGGATTGAATCATTGAAGATTCCAATAATATAATTAAAGGCAAGCGATGCAGAAACGCACGG...
XM_057942385.1
GCACCGAAGAATAGCCTATTTCATTTCTTTCTATCACCACATGAAATTGATGCACAGTAATCTGAAGGAAGCTTTACAGTGTAATTACATCAAACTACTATTTTAATTAATTATAAGCTTAATTCTCAGTGACTTGGATTTAGGGCGTCAGCCGATGAAGTTGGGATTGAATCATTGAAGATTCCAATAATATAATTAAAGGCAAGCGATGCAGAAACGCACGGTACGGACAGCTTACACATGGCCCACGACCTGTTCGA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131014417
ATGTGGAGGCGCCTTGTTTCTCTGTCGCCGCTGCTTTCTTCGTCTAAATCGCGCCTAATAAATCAGGCTTACGGATTCAATGCTTGCCAACTTTTCTCTACTCAGGCAGAAGATGGAGTCTCTGGTACAAGAAGAAAACCATTTATAACTTTTGTCTTGGGTGGTCCAGGGAGCGGAAAAGGTACTCAATGTACAAGAATTGTCAATGCCTTTGGGTTTACCCACTTGAGTGTTGGGGATCTGTTGAGGAAAGAAATCTA...
LOC131014417
ATGTGGAGGCGCCTTGTTTCTCTGTCGCCGCTGCTTTCTTCGTCTAAATCGCGCCTAATAAATCAGGCTTACGGATTCAATGCTTGCCAACTTTTCTCTACTCAGGTTCTGAATGGGGCAGAAGATGGAGTCTCTGGTACAAGAAGAAAACCATTTATAACTTTTGTCTTGGGTGGTCCAGGGAGCGGAAAAGGTACTCAATGTACAAGAATTGTCAATGCCTTTGGGTTTACCCACTTGAGTGTTGGGGATCTGTTGAG...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057798365.1
MWRRLVSLSPLLSSSKSRLINQAYGFNACQLFSTQVLNGAEDGVSGTRRKPFITFVLGGPGSGKGTQCTRIVNAFGFTHLSVGDLLRKEIYSNSENGSMILDTIKEGKIVPSEVTVKLIKNAIEASQNNRILVDGFPRSEENRIAYERVVRAEPDIVLFFDCPEEEMVKRVLNRNQGRIDDNIDTVKERLAVFAELNLPVIKYYSEKGKLHKIDGTGSEDEIFERVLPVFAALRNYPTADFVLFKFLVTRPSVYYMITWV...
XP_057798366.1
MWRRLVSLSPLLSSSKSRLINQAYGFNACQLFSTQAEDGVSGTRRKPFITFVLGGPGSGKGTQCTRIVNAFGFTHLSVGDLLRKEIYSNSENGSMILDTIKEGKIVPSEVTVKLIKNAIEASQNNRILVDGFPRSEENRIAYERVVRAEPDIVLFFDCPEEEMVKRVLNRNQGRIDDNIDTVKERLAVFAELNLPVIKYYSEKGKLHKIDGTGSEDEIFERVLPVFAALRNYPTADFVLFKFLVTRPSVYYMITWVP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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