Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003534`

染色体: Chr03 坐标: 53947088-53948198 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003534`
名称	SmilChr03G003534
描述	uncharacterized SmilChr03G003534
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	53947088 - 53948198 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018998`
GeneID	`131018998`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018998`
原始查询	`SmilChr03G003534`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os11g0577650; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=32.7; qcov=0.704; evalue=1.56e-21; confidence=low
Rice	`Os11g0577650` - identity=43.3; qcov=0.913; evalue=2.09e-50; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018998

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803666.1`
2	Chromosome	染色体	0.60000	`XP_057803666.1`
3	Telomere	端粒	0.40000	`XP_057803666.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803666.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803666.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:53947439`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B91,B97
`Chr3:53947463`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B13
`Chr3:53947475`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B29,C62
`Chr3:53947483`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A11,A6,B29,B43,B57
`Chr3:53947560`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr3:53947609`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C77
`Chr3:53947643`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B51
`Chr3:53947667`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	B15,B50,B95
`Chr3:53947667`	`GA`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	B15,B50,B95
`Chr3:53947751`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,C11
`Chr3:53947755`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	20	B104,B132,B18,B19,B25,B31,B48,B60,B63,B86,B99,C10,C26,C28,C3,C35,C41,C6,C75,C87
`Chr3:53947779`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B59,B64,B88,B89,C13,C70,C83,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803666.1

230 aa

115

230

DUF8040

PF26138 DUF8040 59-148 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803666.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	59	148	1.1e-23	83.6	Domain of unknown function (DUF8040)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947683.1
AACAATCACCACCGACTGCTTGTGTGACACATTTCTCTTTTCGGCTGAAACAACTCTCTCTAGCAGCATCTGAGGCCCAAGTTACTAATTGTGAATCTAGAGTGCTGTGCTCTATCGGCACACACGAAAAGGTTCTTCCTGTTACTTTTAAGTTTGCTGTCTCACCAAAGGTCTATTAGTTCTGTAAATGTCCAGCTCATTAAGTTTTTGATATTATGTACGTATTTTCCTATGTATTGACCTTTTATCATACATAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018998
ATGGACGATAGAAGACACAAGACTTTGGTTATTATAGCCCTTCTCCTTATACGCAGATGCCTTCTTGTTCTTATGATGATGGGTCACCATTATTTTAAAAACATTTTACCTAGTAAAAGAGCTTCTGGTAGGCGGCGCTTAAAGTATAAAATTATTGATAAGATCCCTAAACAAGTGGAGTATTTGCATCGAGTTATATCAGCTGATGATTTGACTTGTGTTAACAAAATACGAATGTCCAAAGATGTCTTCAGTAGGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803666.1
MDDRRHKTLVIIALLLIRRCLLVLMMMGHHYFKNILPSKRASGRRRLKYKIIDKIPKQVEYLHRVISADDLTCVNKIRMSKDVFSRLCYLLEQAGGLVPTKHVGVEEKVASFLVILAHHSKNRIVKFDFRRSGNTISLSFHSVLHALLRLHHLLLVNPVPVPEDETSEQWRPFKGCLGALDGTYIPVTVPLSDAPRYRNRKGFVSVNVLGVCDRDLKFVHMPLVIEIENR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器