当前解析结果
SmilChr03G003543| 统一新 Gene ID | SmilChr03G003543 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G003543 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G003543 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 54071383 - 54072597 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018999 |
|---|---|
| GeneID | 131018999 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018999 |
| 原始查询 | SmilChr03G003543 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os06g0597250; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=54.5; qcov=0.38; evalue=1.62e-33; confidence=low |
| Rice | Os06g0597250- identity=47.8; qcov=1.02; evalue=1.44e-124; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04827 (Plant_tran); PF28509 (DUF8418) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018999 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057803668.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057803668.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803668.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803668.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057803668.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:54071387 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B76,D2 |
Chr3:54071406 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
Chr3:54071410 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 100 | A2,A22,A4,A7,B10,B100,B101,B102,B111,B112,B113,B115,B117,B12,B121,B123,B127,B128,B13,B136,B14,B140,B15,B17,B19,B2,B21,B23,B24,B25,B30,B31,B34,B35,B38,B39,B41,B44,B46,B47,B48,B5,B52,B54,B57,B63,B65,B66,B67,B70,B72,B74,B79,B80,B81,B82,B83,B86,B87,B9,B93,B95,C10,C12,C16,C18,C22,C23,C24,C25,C26,C32,C34,C40,C47,C48,C49,C50,C52,C56,C58,C59,C6,C61,C68,C7,C71,C76,C79,C8,C81,C82,C84,C86,C9,D2,D3,D5,D7,D9 |
Chr3:54071478 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C45 |
Chr3:54071490 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,B39 |
Chr3:54071523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B48 |
Chr3:54071523 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr3:54071544 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr3:54071573 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 10 | B110,B122,B16,B71,B75,B91,B93,C25,C39,C86 |
Chr3:54071577 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A4,B76 |
Chr3:54071695 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr3:54071700 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803668.1PF28509
DUF8418 30-69 aa
PF04827
Plant_tran 137-306 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803668.1 |
Pfam | PF28509 |
DUF8418 | Domain | 30 | 69 | 2.2e-18 | 66.4 | Domain of unknown function (DUF8418) |
XP_057803668.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 137 | 306 | 8e-74 | 248.4 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。