Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003547`

染色体: Chr03 坐标: 54104101-54106399 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003547`
名称	SmilChr03G003547
描述	40S ribosomal protein S13-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	54104101 - 54106399 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014429`
GeneID	`131014429`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014429`
原始查询	`SmilChr03G003547`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	40S ribosomal protein S13-like
产物	40S ribosomal protein S13-like
Arabidopsis	`AT4G00100` (RPS13A) ribosomal protein S13A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828167] identity=94; qcov=1; evalue=3.75e-102; confidence=high
Rice	`Os08g0117300` - identity=88.1; qcov=1; evalue=3.89e-94; confidence=high
GO	GO:0003735 (structural constituent of ribosome); GO:0005730 (nucleolus); GO:0005840 (ribosome); GO:0006412 (translation); GO:0022627 (cytosolic small ribosomal subunit); GO:0070181 (small ribosomal subunit rRNA binding)
KEGG	smil03010 (Ribosome - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00312 (Ribosomal_S15); PF08069 (Ribosomal_S13_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014429

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057798393.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057798393.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798393.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798393.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057798393.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:54104429`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr3:54104596`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B99
`Chr3:54104644`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	26	A14,A16,A9,B131,B135,B138,B20,B3,B39,B47,B59,B75,B87,C16,C24,C28,C29,C33,C52,C54,C56,C59,C84,D11,D2,D4
`Chr3:54104646`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A1,B19,B35,C37
`Chr3:54104653`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B34,C25,C38,C50
`Chr3:54104662`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B139,C75
`Chr3:54104683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B109,B139,B47,B86,B91,C29,C84
`Chr3:54104694`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B118,C63
`Chr3:54104716`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr3:54104734`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B107,B110,B122,C83
`Chr3:54105068`	`T`	`TG`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	75	A10,A18,A19,A21,A22,A25,A4,A7,B1,B109,B118,B121,B125,B128,B131,B132,B135,B137,B138,B15,B18,B20,B26,B28,B30,B35,B39,B42,B43,B44,B46,B51,B52,B56,B57,B58,B59,B61,B64,B74,B82,B83,B84,B89,B92,B94,B96,B97,C15,C19,C25,C26,C27,C33,C35,C36,C37,C41,C43,C48,C51,C52,C56,C66,C68,C69,C72,C73,C78,C79,C84,C87,D1,D10,D9
`Chr3:54105104`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	51	A10,A18,A19,A21,A22,A25,A4,B10,B118,B125,B131,B132,B137,B138,B15,B18,B23,B28,B30,B39,B42,B43,B46,B56,B57,B58,B59,B74,B83,B84,B89,B94,B96,B97,C19,C24,C33,C36,C37,C41,C48,C51,C52,C69,C73,C78,C79,C84,C87,D10,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798393.1

151 aa

151

Ribosomal_S13_N

Ribosomal_S15

PF08069 Ribosomal_S13_N 1-60 aa PF00312 Ribosomal_S15 74-146 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798393.1`	Pfam	`PF08069`	Ribosomal_S13_N	Domain	1	60	3.4e-32	111.0	Ribosomal S13/S15 N-terminal domain
`XP_057798393.1`	Pfam	`PF00312`	Ribosomal_S15	Domain	74	146	2.6e-15	57.1	Ribosomal protein S15

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942410.1
GACTCACAATAAGATTAGGATGCCAAAAAATCCACTGGACCGGCCCATTAACGTTTATTAAAAATGGGCCAGTTTAAACCCACAAATATTACAAAACCCTAGTCGTCAACCTTTTCATCGAGCTAGTGTTGGTGGCCGTCGATTTTTGGGGAACACCCGAGCTTCAGAAGCAAACAGAGAGCCGCGCCGCCACCGCTGCCGACGCCATGGGTCGCATGCACAGCCGCGGAAAGGGTATTTCCGCTTCAGCCCTTCCCTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014429
ATGGGTCGCATGCACAGCCGCGGAAAGGGTATTTCCGCTTCAGCCCTTCCCTACAAGAGAACACCGCCCAGCTGGCTCAAAATCTCCTCTGAAGATGTTGAGGAGAATATCTGTAAGTTTGCAAAGAAGGGTCTCACTCCGTCGCAGATCGGCGTGATTCTCCGTGATTCACACGGCATTGCACAGGTGAAGAGCGTCACCGGAAGCAAGATTCTCCGCATTCTCAAGGGTCACGGACTTGCACCTGAAATTCCAGAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798393.1
MGRMHSRGKGISASALPYKRTPPSWLKISSEDVEENICKFAKKGLTPSQIGVILRDSHGIAQVKSVTGSKILRILKGHGLAPEIPEDLYHLIKKAVAIRKHLERNRKDKDSKFRLILVESRIHRLARYYKKTKKLPPVWKYESTTASTLVA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器