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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003586

染色体: Chr03 坐标: 54490323-54492478 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003586
名称SmilChr03G003586
描述ADP,ATP carrier protein-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向54490323 - 54492478 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014464
GeneID131014464
locus_tag-
NCBI NameLOC131014464
原始查询SmilChr03G003586

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述ADP,ATP carrier protein-like
产物ADP%2CATP carrier protein-like
ArabidopsisAT5G13490 (AAC2)
ADP/ATP carrier 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831193]
identity=55.6; qcov=0.933; evalue=4.38e-101; confidence=high
RiceOs05g0302700
-
identity=55.9; qcov=0.881; evalue=1.63e-100; confidence=high
GOGO:0005471 (ATP:ADP antiporter activity); GO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0140021 (mitochondrial ADP transmembrane transport); GO:1990544 (mitochondrial ATP transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057798437.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057798437.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 1.00000 XP_057798437.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057798437.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798437.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:54490533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,B82
Chr3:54490615 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C64,C66
Chr3:54490822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B129,B22,B50,C33
Chr3:54490824 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 4 B27,B57,B74,B84
Chr3:54490824 CG C 1bp_deletion CDS_variant 4 B27,B57,B74,B84
Chr3:54490827 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 4 B27,B57,B74,B84
Chr3:54490827 TG T 1bp_deletion CDS_variant 4 B27,B57,B74,B84
Chr3:54490829 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 4 B27,B57,B74,B84
Chr3:54490829 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 4 B27,B57,B74,B84
Chr3:54490946 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 2 C32,C68
Chr3:54490946 TG T 1bp_deletion CDS_variant 2 C32,C68
Chr3:54490947 GC * 1bp_deletion CDS_variant 2 C32,C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798437.1
351 aa
N
1
176
351
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 50-129 aa PF00153 Mito_carr 140-227 aa PF00153 Mito_carr 240-317 aa
XP_057798438.1
351 aa
N
1
176
351
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 50-129 aa PF00153 Mito_carr 140-227 aa PF00153 Mito_carr 240-317 aa
XP_057798439.1
345 aa
N
1
172
345
Mito_carr
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 50-129 aa PF00153 Mito_carr 140-227 aa PF00153 Mito_carr 234-311 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798437.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 50 129 2.1e-48 162.7 Mitochondrial carrier protein
XP_057798437.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 140 227 2.1e-48 162.7 Mitochondrial carrier protein
XP_057798437.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 240 317 2.1e-48 162.7 Mitochondrial carrier protein
XP_057798438.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 50 129 2.1e-48 162.7 Mitochondrial carrier protein
XP_057798438.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 140 227 2.1e-48 162.7 Mitochondrial carrier protein
XP_057798438.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 240 317 2.1e-48 162.7 Mitochondrial carrier protein
XP_057798439.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 50 129 2.2e-48 162.6 Mitochondrial carrier protein
XP_057798439.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 140 227 2.2e-48 162.6 Mitochondrial carrier protein
XP_057798439.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 234 311 2.2e-48 162.6 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942455.1
GCCTTCCTCTGTATTCCGTCTCTCTTTATGTCTTTATCTTCCACACGCAATAGAAAGCGATACTACCAAACTTCAGCTGTTTTATCGGTGAGAATCGATCAAAGAGAAAAAAATAAGTATGTATGAGCTGCATGACTATCCCATCACAAAACATGTCACAGCATTTGAAAGGAAGGCTGCATTGGCATATCCATCCTTGGTGAAGTCTGGTGTTTTTGTGCAAGCCCCTGCAGAGAAAGGATTTCTGGGCTTGTCTTTTC...
XM_057942454.1
GGTGAGAATCGATCAAAGAGTTTGGGGACACACCAGCAGATTCAAGAAAAAGAGAAAAAAATAAGTATGTATGAGCTGCATGACTATCCCATCACAAAACATGTCACAGCATTTGAAAGGAAGGCTGCATTGGCATATCCATCCTTGGTGAAGTCTGGTGTTTTTGTGCAAGCCCCTGCAGAGAAAGGATTTCTGGGCTTGTCTTTTCTCACGGGTATGGCAATCTGTAAAACCGCTATTGCTCCAATTGAACGTGTGAA...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131014464
ATGTATGAGCTGCATGACTATCCCATCACAAAACATGTCACAGCATTTGAAAGGAAGGCTGCATTGGCATATCCATCCTTGGTGAAGTCTGGTGTTTTTGTGCAAGCCCCTGCAGAGAAAGGATTTCTGGGCTTGTCTTTTCTCACGGGTATGGCAATCTGTAAAACCGCTATTGCTCCAATTGAACGTGTGAAACTTTTGATGCAAAACGAGGGTGCAATGATAAAGACTGAGCCGTACAAAGGCATCCGTAACTGTTT...
LOC131014464
ATGTATGAGCTGCATGACTATCCCATCACAAAACATGTCACAGCATTTGAAAGGAAGGCTGCATTGGCATATCCATCCTTGGTGAAGTCTGGTGTTTTTGTGCAAGCCCCTGCAGAGAAAGGATTTCTGGGCTTGTCTTTTCTCACGGGTATGGCAATCTGTAAAACCGCTATTGCTCCAATTGAACGTGTGAAACTTTTGATGCAAAACGAGGGTGCAATGATAAAGACTGAGCCGTACAAAGGCATCCGTAACTGTTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057798437.1
MYELHDYPITKHVTAFERKAALAYPSLVKSGVFVQAPAEKGFLGLSFLTGMAICKTAIAPIERVKLLMQNEGAMIKTEPYKGIRNCFWRTVMDEGFGSLWRGSTANVIRYVPYQAMNFAIHDVLKHRLNVEGSGYWWWSAGNLAAGFYAGGLSHLIVYPVEYARTRLALDVNKGGERQFKGVVDVWKKTLASHGNVGLKHGFMASLIGASGYRSFYFGMYDSLKPVVLTGTMQVVCVFQDSFYGSFALAWAAATVAGFIT...
XP_057798438.1
MYELHDYPITKHVTAFERKAALAYPSLVKSGVFVQAPAEKGFLGLSFLTGMAICKTAIAPIERVKLLMQNEGAMIKTEPYKGIRNCFWRTVMDEGFGSLWRGSTANVIRYVPYQAMNFAIHDVLKHRLNVEGSGYWWWSAGNLAAGFYAGGLSHLIVYPVEYARTRLALDVNKGGERQFKGVVDVWKKTLASHGNVGLKHGFMASLIGASGYRSFYFGMYDSLKPVVLTGTMQVVCVFQDSFYGSFALAWAAATVAGFIT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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