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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003648`

染色体: Chr03 坐标: 55241495-55244036 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003648`
名称	SmilChr03G003648
描述	zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	55241495 - 55244036 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131019019`
GeneID	`131019019`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131019019`
原始查询	`SmilChr03G003648`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like
产物	zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like
Arabidopsis	`AT3G42170` (DAYSLEEPER) BED zinc finger and hAT dimerization domain-containing protein DAYSLEEPER [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3769417] identity=32.6; qcov=0.941; evalue=5.17e-84; confidence=low
Rice	`Os02g0521366` - identity=35; qcov=0.996; evalue=2.26e-101; confidence=low
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF05699 (Dimer_Tnp_hAT); PF14372 (hAT-like_RNase-H); PF27039 (ZBED1_RNase-like_helical); PF27041 (ZBED1_RNase-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131019019

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803690.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057803690.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803690.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803690.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803690.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:55241571`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B93,B95,C66
`Chr3:55241601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C84
`Chr3:55241625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B35,C55,D6
`Chr3:55241632`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B64,D10
`Chr3:55241651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B124,B35,C55,D6
`Chr3:55241669`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B44,C24,C3
`Chr3:55241670`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B18,C25,C8,D7
`Chr3:55241740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C75
`Chr3:55241740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr3:55241775`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C6
`Chr3:55241790`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:55241793`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B9,C26,C43,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803690.1

508 aa

254

508

ZBED1_RNase-like

ZBED1_RNase-like_helical

hAT-like_RNase-H

Dimer_Tnp_hAT

PF27041 ZBED1_RNase-like 46-143 aa PF27039 ZBED1_RNase-like_helical 146-254 aa PF14372 hAT-like_RNase-H 275-369 aa PF05699 Dimer_Tnp_hAT 411-483 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803690.1`	Pfam	`PF27041`	ZBED1_RNase-like	Domain	46	143	7.3e-32	110.1	ZBED1 RNase-like domain
`XP_057803690.1`	Pfam	`PF27039`	ZBED1_RNase-like_helical	Domain	146	254	4.1e-33	114.5	ZBED1 RNase-like helical domain
`XP_057803690.1`	Pfam	`PF14372`	hAT-like_RNase-H	Domain	275	369	1.7e-29	102.6	hAT-like transposase, RNase-H fold
`XP_057803690.1`	Pfam	`PF05699`	Dimer_Tnp_hAT	Domain	411	483	5.9e-20	71.6	hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947707.1
TCCATTTACAATTGTTGAAGAAGAATGATTTAATATGATGCAGAAACGTGCAGCATTGGAATGGAAAAAGGTATCACGCAATACAATCAAGAAAGATTGTACTCAAGTGTATGATATTGAGAGGAAGAAGCTGATGGCACAACTAAAGAACATCAACAAGATTAGTGTGACTACCGATTTGTGGAGATCAACGAATCAGAAGATCGAATACATGGTACTTACTGGACATTTTGTTGACTCTTGCTGGAAATTGCAAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131019019
ATGATGCAGAAACGTGCAGCATTGGAATGGAAAAAGGTATCACGCAATACAATCAAGAAAGATTGTACTCAAGTGTATGATATTGAGAGGAAGAAGCTGATGGCACAACTAAAGAACATCAACAAGATTAGTGTGACTACCGATTTGTGGAGATCAACGAATCAGAAGATCGAATACATGGTACTTACTGGACATTTTGTTGACTCTTGCTGGAAATTGCAAAAAAGAATTCTCAGCTTTGTTCATCTACCACCTCCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803690.1
MMQKRAALEWKKVSRNTIKKDCTQVYDIERKKLMAQLKNINKISVTTDLWRSTNQKIEYMVLTGHFVDSCWKLQKRILSFVHLPPPHRGVEIADNLYKCMKDWGIENKVFTISVDNASNNDVAIRILADTFSRNKKLLCGGKLFHVRCCAHILNLMVQDGLSRIAYIIEDIHESVLFINYNEVRLRAFSEIVQQLQLPHRKLVLECKTRWNSTYAMLSAAIKFKEAFPRYQDQEPRYTCCPSNEDWNMVEKVCTIIQVFD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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