Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003652

染色体: Chr03 坐标: 55300342-55304214 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003652
名称SmilChr03G003652
描述uncharacterized SmilChr03G003652
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向55300342 - 55304214 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131019022
GeneID131019022
locus_tag-
NCBI NameLOC131019022
原始查询SmilChr03G003652

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0521000; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT1G66235 (AT1G66235)
no-apical-meristem-associated carboxy-terminal domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842939]
identity=27.5; qcov=0.63; evalue=2.23e-12; confidence=low
RiceOs06g0521000
-
identity=31.6; qcov=0.639; evalue=5.56e-18; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131019022

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803692.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803692.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803692.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803692.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803692.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:55300355 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B97
Chr3:55303761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:55303767 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A3,B123
Chr3:55303768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr3:55303801 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B20
Chr3:55303816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,C46
Chr3:55303871 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C52
Chr3:55303877 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C81
Chr3:55303883 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C11,C69
Chr3:55303891 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,B138,C44,C52,C58
Chr3:55303893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B11,C5,C80,D1
Chr3:55303941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947709.1
ATGCCGGCGGCCACCAAACGTAGCAACTATTATCCGCCAGAAACGGTGCTAATTTGTCGTTTGTATCTCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCACCCAATACAACGCTGAAAAGCCCCGAGGATCTATTTCACGCGACGTCTCGCAAATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGGCGAAGGATTCCAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAGATGTCACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131019022
ATGCCGGCGGCCACCAAACGTAGCAACTATTATCCGCCAGAAACGGTGCTAATTTGTCGTTTGTATCTCGAGCACACCCACGACTCTGTGGTGGGTGTCGACCAAAAAGGGGCGAAGTTTTGGGGCTCCCTCTGCACCCAATACAACGCTGAAAAGCCCCGAGGATCTATTTCACGCGACGTCTCGCAAATCAAATCTCACTTTCAACGGGTGGCGAAGGATTCCAAGAGGTTTGAGGCCATGCACAAAAGATGTCACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803692.1
MPAATKRSNYYPPETVLICRLYLEHTHDSVVGVDQKGAKFWGSLCTQYNAEKPRGSISRDVSQIKSHFQRVAKDSKRFEAMHKRCHDQWKSGMSDGQIVEQAEAMWLAEYRVPFRYPHAWKILRESKKFASLGEDVHSDVHSDKRLKGSDGLPTTTSSDASISTRPQGQKAAKRDKRKAISVVAITYIAIFTVAVPLTIYVVAIPLLA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器