Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003657

染色体: Chr03 坐标: 55402730-55404723 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003657
名称SmilChr03G003657
描述uncharacterized SmilChr03G003657
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向55402730 - 55404723 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014520
GeneID131014520
locus_tag-
NCBI NameLOC131014520
原始查询SmilChr03G003657

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835267]; symbol=AT5G51920; hit=AT5G51920; species=arabidopsis; confidence=high
产物Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835267]; symbol=AT5G51920; hit=AT5G51920; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G51920 (AT5G51920)
Pyridoxal phosphate (PLP)-dependent transferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835267]
identity=49.6; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0545000
-
identity=45.2; qcov=1.08; evalue=4.38e-173; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014520

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057798493.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057798493.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057798493.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798493.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798493.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:55402855 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:55403194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B112,C58,C85
Chr3:55404246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B51,B83,C4,C48
Chr3:55404421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C61
Chr3:55404515 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942510.1
TTTCAACATAATCATTTGGCTGTCCTATTCCACAAATAAATTGAGAGTTGAAAACTTTGTTTATATAAAAGGTTTTTTCACACTTGTCTTAACATGTAAGCATCATAGGTATATAAAAACAACAAAATACAATTTGAAGGCAAGTGACTTGAATTTCACAAAAATCATCAGTAAGAAAATATGCATTCACCTCGTTTGAAAAAGGCCACTCAAGTATGTTTTCAGGGTTGTTGTCCGAATCCCACCGTGAGAGGGCCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131014520
ATGCATTCACCTCGTTTGAAAAAGGCCACTCAAGTATGTTTTCAGGGTTGTTGTCCGAATCCCACCGTGAGAGGGCCGCTGCCAGAGGCGGAGCAGCCCATTGCAAAGACAAGCAGCACGTCGGCTGCTTGTCGTCGCAACTTTGCAGCAACAACTGCATCTTCCCTTTTCCCGTCTACCAACTTCACCAACCATGAGTCCATCCCTTCTCTGCAAGAATCGTTTGTTCAGTTCATCAAAGCTTATCCCAAGTACTCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057798493.1
MHSPRLKKATQVCFQGCCPNPTVRGPLPEAEQPIAKTSSTSAACRRNFAATTASSLFPSTNFTNHESIPSLQESFVQFIKAYPKYSDTAPVDQIRAREYGHLELSNHVSLDYIGVGLFSQSQVMSQYRSAISAPTSSPPASDFPLFGINFKSVSLKSQLLHGGEGSELESAIKKRIMDFLNISQNDYAMVFTVNRSAAFKLVAESYPYQSSRKLLTVYDHESEALSSMINTSGKRGARVMAAEFKWPRLRIHSAKLRKMI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器