Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G003671`

染色体: Chr03 坐标: 55547875-55554803 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G003671`
名称	SmilChr03G003671
描述	protein HOTHEAD-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	55547875 - 55554803 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131014537`
GeneID	`131014537`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131014537`
原始查询	`SmilChr03G003671`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein HOTHEAD-like
产物	protein HOTHEAD-like
Arabidopsis	`AT5G51950` (AT5G51950) Glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835270] identity=53.5; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0573100` (HTH1) - identity=51.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0016614 (oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors); GO:0050660 (flavin adenine dinucleotide binding)
KEGG	-
Pfam	PF00732 (GMC_oxred_N); PF05199 (GMC_oxred_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131014537

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Lysosome	溶酶体	0.60000	`XP_057798511.1`
2	Endoplasmic reticulum	内质网	0.40000	`XP_057798511.1`
3	Cytoplasmic vesicle	细胞质囊泡	0.20000	`XP_057798511.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057798511.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057798511.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:55548100`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B99
`Chr3:55548100`	`AT`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B99
`Chr3:55548291`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr3:55548291`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr3:55548525`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	5	A14,B129,B50,B78,C33
`Chr3:55548525`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	5	A14,B129,B50,B78,C33
`Chr3:55549266`	`G`	`GAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	9	A1,B107,B108,B133,B3,B47,B72,C41,C56
`Chr3:55549340`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B78
`Chr3:55549467`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B135
`Chr3:55552713`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B6,D7
`Chr3:55552713`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B6,D7
`Chr3:55552718`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B6,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798511.1

560 aa

280

560

GMC_oxred_N

GMC_oxred_C

PF00732 GMC_oxred_N 49-319 aa PF05199 GMC_oxred_C 398-542 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057798511.1`	Pfam	`PF00732`	GMC_oxred_N	Domain	49	319	3.6e-19	70.2	GMC oxidoreductase
`XP_057798511.1`	Pfam	`PF05199`	GMC_oxred_C	Domain	398	542	2.2e-26	93.8	GMC oxidoreductase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057942528.1
TACGAAATAAATAGGTGTTGCCTAAACCACTGTGCTTTGCTGTACCATATTCTATTTCCTTATTTACTCATACAAAATATATTGTTCTTTTGTTCGAATTTAATCTGAAATATATGATGGCCCTGGGTTTTGGGAAAGGCGTTGCTATTTTTGGAGCTTCTATTGGCATTTTCTTCTTCATCCTCTCTTCTTCCGCAGAGAAAGCCCCGTACGAGTCTTTCGCAAAGAACGCAATGTTAGCTCCGGCTATAAATTATTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131014537
ATGATGGCCCTGGGTTTTGGGAAAGGCGTTGCTATTTTTGGAGCTTCTATTGGCATTTTCTTCTTCATCCTCTCTTCTTCCGCAGAGAAAGCCCCGTACGAGTCTTTCGCAAAGAACGCAATGTTAGCTCCGGCTATAAATTATTATGACTACATAATCATTGGTGGTGGGACTGCCGGTTGCCCGCTATCGGCGACGCTCTCCGTTGCTGCAAAGGTACTACTTCTCGAGAGGGGCGGCCTCCCGTACGACAACCCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057798511.1
MMALGFGKGVAIFGASIGIFFFILSSSAEKAPYESFAKNAMLAPAINYYDYIIIGGGTAGCPLSATLSVAAKVLLLERGGLPYDNPNVTNAKNYPKVVKDTSASQMFVSTDGVFNHRGRVLGGCSAINSGFYTHASCEYVREAGWDPQLVNESYEWVDRKVAFRPWLLPWQAAVRDGLLESGVSPDNGFTYDHLQGTKIGGTTFDENGVRHSAADLLEYAHPANITIYLHGLVHQILFRTQSGQRPKAYGVVFKDSEGKT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器