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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G003708

染色体: Chr03 坐标: 56021717-56025599 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G003708
名称SmilChr03G003708
描述E3 ubiquitin-protein ligase XBAT33-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向56021717 - 56025599 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131014573
GeneID131014573
locus_tag-
NCBI NameLOC131014573
原始查询SmilChr03G003708

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase XBAT33-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase XBAT33-like
ArabidopsisAT5G07270 (XBAT33)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830618]
identity=65.3; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0791200 (XBOS32)
-
identity=53; qcov=0.702; evalue=2.74e-88; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0009707 (chloroplast outer membrane); GO:0030941 (chloroplast targeting sequence receptor activity); GO:0045036 (protein targeting to chloroplast)
KEGG-
PfamPF00023 (Ank); PF12796 (Ank_2); PF13606 (Ank_3); PF13637 (Ank_4); PF13857 (Ank_5); PF24921 (RING_XB3-XBAT31)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131014573

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057798567.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057798567.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057798568.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057798567.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057798567.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:56022393 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 8 A13,B120,B35,B46,B51,B52,C51,C73
Chr3:56022398 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 8 A13,B120,B35,B46,B51,B52,C51,C73
Chr3:56022403 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 8 A13,B120,B35,B46,B51,B52,C51,C73
Chr3:56023137 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B32,B64,C24,C73
Chr3:56023241 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr3:56023253 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr3:56024210 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr3:56025168 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr3:56025330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057798567.1
507 aa
N
1
254
507
Ank_2
Ank_3
Ank
Ank_4
Ank_2
Ank_5
Ank_3
Ank
Ank
Ank
Ank_2
Ank
RING_XB3-XBAT31
C
PF12796 Ank_2 14-75 aa PF13606 Ank_3 46-72 aa PF00023 Ank 46-75 aa PF13637 Ank_4 49-98 aa PF12796 Ank_2 49-132 aa PF13857 Ank_5 64-109 aa PF13606 Ank_3 77-104 aa PF00023 Ank 78-108 aa PF00023 Ank 112-131 aa PF00023 Ank 175-205 aa PF12796 Ank_2 217-270 aa PF00023 Ank 218-247 aa PF24921 RING_XB3-XBAT31 315-371 aa
XP_057798568.1
406 aa
N
1
203
406
Ank
Ank_2
Ank
RING_XB3-XBAT31
C
PF00023 Ank 74-104 aa PF12796 Ank_2 116-169 aa PF00023 Ank 117-146 aa PF24921 RING_XB3-XBAT31 214-270 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057798567.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 14 75 9.4e-35 119.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057798567.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 46 72 5.6e-25 85.1 Ankyrin repeat
XP_057798567.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 46 75 8.3e-37 123.9 Ankyrin repeat
XP_057798567.1 Pfam PF13637 Ank_4 Repeat 49 98 3.4e-28 97.8 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057798567.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 49 132 9.4e-35 119.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057798567.1 Pfam PF13857 Ank_5 Repeat 64 109 4e-29 101.1 Ankyrin repeats (many copies)
XP_057798567.1 Pfam PF13606 Ank_3 Repeat 77 104 5.6e-25 85.1 Ankyrin repeat
XP_057798567.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 78 108 8.3e-37 123.9 Ankyrin repeat
XP_057798567.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 112 131 8.3e-37 123.9 Ankyrin repeat
XP_057798567.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 175 205 8.3e-37 123.9 Ankyrin repeat
XP_057798567.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 217 270 9.4e-35 119.8 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057798567.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 218 247 8.3e-37 123.9 Ankyrin repeat
XP_057798567.1 Pfam PF24921 RING_XB3-XBAT31 Domain 315 371 1.4e-18 67.3 E3 ubiquitin-protein ligase XB3/XBAT31 RING finger
XP_057798568.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 74 104 1.1e-13 51.3 Ankyrin repeat
XP_057798568.1 Pfam PF12796 Ank_2 Repeat 116 169 3.3e-14 53.9 Ankyrin repeats (3 copies)
XP_057798568.1 Pfam PF00023 Ank Repeat 117 146 1.1e-13 51.3 Ankyrin repeat
XP_057798568.1 Pfam PF24921 RING_XB3-XBAT31 Domain 214 270 1.1e-18 67.8 E3 ubiquitin-protein ligase XB3/XBAT31 RING finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057942584.1
AGAGAGAGAAGGTGGAGCAGAGAGGTTAGTGTCCATGCTCTCTTTTCTTCCCCACTACTGTTTTCACAAACCAACACATTTTTGTGGTTTTTAATAACAAGAATAGACCAACCAACATATTCCCAGATAAACTACATTTTCTTCACTTTTTCCATCTACTGATACCAATCTTGTGACATTTTCTGTCTTTTATGTCAAGATTATTTCTTCACTTCTGAAACTACAATAAAATAAATATAGTTTTTCTTTTATAAAAGTTG...
XM_057942585.1
GCTAAAGGCCACAATGAGATTGTGGCATTGTTGTTGGAGAATGGAGCTGATGTAAATTCGAGAAATTACTGTGGGCAGACAGCTTTAATGCAAGCATGCCGATATGGACACTGGGAAGTTGTTCAAACTCTTATTCTTTTCAAATGCAATCCGTCAATGGACACGTGCGATGTATGAGATTAGTGGTTGCTGATTTTGTTCCGAGTGCTCCTTATGATTCTTTGGATGTTCAAACAATAAGTGATGGTTCCAGTACTAAA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131014573
ATGGGCAATTCATTTGGGTGCTCCGCCTCTGGAGAGAGATTGGTGTCGGCTGCAAGAGATGGAGATTTTGTGGAGGCGAAGATTCTTTTGGAGTGGAATCCATGCCTTGCAAAGTACTCAACTTTTGGTGGCTTGAATTCCCCTCTTCATTTTGCTGCTGCTAAAGGCCACAATGAGATTGTGGCATTGTTGTTGGAGAATGGAGCTGATGTAAATTCGAGAAATTACTGTGGGCAGACAGCTTTAATGCAAGCATGCCG...
LOC131014573
ATGCCGATATGGACACTGGGAAGTTGTTCAAACTCTTATTCTTTTCAAATGCAATCCGTCAATGGACACGTGCGATGTATGAGATTAGTGGTTGCTGATTTTGTTCCGAGTGCTCCTTATGATTCTTTGGATGTTCAAACAATAAGTGATGGTTCCAGTACTAAAACAAAGTTCGACCAGAGTGCTCTCTCCAAGTTCGTAAACAAGGCTGCTGATGGTGGTATTACTGCACTTCATATGTCTGCCTTAAATGGATACTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057798567.1
MGNSFGCSASGERLVSAARDGDFVEAKILLEWNPCLAKYSTFGGLNSPLHFAAAKGHNEIVALLLENGADVNSRNYCGQTALMQACRYGHWEVVQTLILFKCNVTRADYLSGRTALHFAAVNGHVRCMRLVVADFVPSAPYDSLDVQTISDGSSTKTKFDQSALSKFVNKAADGGITALHMSALNGYLDCVQLLLNLHANVSAVTFHYGTSMDLIGAGSTPLHYAACGGNLKCCQILLARGASRLALNCNGWLPLDVARM...
XP_057798568.1
MPIWTLGSCSNSYSFQMQSVNGHVRCMRLVVADFVPSAPYDSLDVQTISDGSSTKTKFDQSALSKFVNKAADGGITALHMSALNGYLDCVQLLLNLHANVSAVTFHYGTSMDLIGAGSTPLHYAACGGNLKCCQILLARGASRLALNCNGWLPLDVARMWGRHWLEPLLNPNSDLPIPTFPPSNYLSLPLMSVLNIARDYGLQPSASAYDDAEICAVCLERPCIIAAEGCGHELCVRCALYLCSTSNIPSESSTPPGSIP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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